Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Lúa hữu cơ trong hệ thống canh tác lúa tôm

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  28
 Số lượt truy cập :  15744747
Đa hình SNP trên bộ genome lúa về bất dục đực tế bào chất và phục hồi phấn hoa, thông qua kỹ thuật GBS, với khả năng kết hợp của chỉ thị phân tử, trên 12 tính trạng liên quan đến năng suất của loại hình Japonica
Thứ tư, 08-03-2017 | 08:13:47

Nguồn: Zaid IU, Tang W, Liu E, Khan SU, Wang H, Mawuli EW, Hong D. 2017. Genome-Wide Single-Nucleotide Polymorphisms in CMS and Restorer Lines Discovered by Genotyping Using Sequencing and Association with Marker-Combining Ability for 12 Yield-Related Traits in Oryza sativa L. subsp. Japonica. Front Plant Sci. 2017 Feb 8; 8: 143. doi: 10.3389/fpls.2017.00143.

TÓM TẮT

Ưu thế lai (heterosis) hoặc cường lực ưu thế lai (hybrid vigor) có quan hệ rất gần với giá trị khả năng kết hợp chung GCA (general combing ability) của vật liệu bố mẹ, với khả năng kết hợp riêng SCA (special combining ability) của từng cặp lai. Đáng giá GCA và SCA giúp cho việc chọn lọc vật liệu bố mẹ tương thích tạo nên ưu thế lai trong chọn giống lúa. Muốn cải tiến khả năng kết hợp CA (combining ability) bằng chỉ thị phân tử, người ta cần phải xác định những loci của chỉ thị có liên kết với CA. Muốn xác định các loci đa hình của SNP có liên kết với CA trong các bộ genomes bố mẹ thuộc loại hình cây lúa japonica, người ta phải phân tích “genome-wide” để khám phá các loci của SNP có liên kết với CA của 18 bố mẹ, xét trên 12 tính trạng liên quan đến năng suất. Trong nghiên cứu này, 81 con lai F1 được tạo ra và được đánh giá để tính toán giá trị CA của 18 giống bố mẹ ấy. Bố mẹ được giải trình tự theo kỹ thuật GBS (genotyping by sequencing) để xác định bản chất “genome-wide SNPs”. Phân tích GBS cho thấy rằng bản đồ di truyền được hình thành với 9.86 × 106 các “short reads” được ghi nhận trên bô genome tham chiếu của giống lúa Nipponbare, bao gồm 39.001 chỉ thị SNPs của các bộ genome bố mẹ, tại 11.085 vị trí của nhiễm sắc thể. Những chỉ thị SNP như vật được tìm thấy tỏ ra không có tính chất phân bố ngẫu nhiên trong 12 nhiễm sắc thể cây lúa. Nhìn chung, có 20,4% (8026) chỉ thị trong các SNP được khám phá thuộc dạng cho mật mã di truyền (coding types). Bên cạnh, có 8,6% (3344) chỉ thị SNP thuộc dạng thay đổi đồng nghĩa (synonymous) và 9,9% (3951) SNPs có sự thay đổi với tính chất không đồng nghĩa (non-synonymous. Tất cả cho chúng ta một sự hiểu biết vô cùng có giá trị về bản chất di truyền của từng bố mẹ. Hơn nữa, những kết hợp của SNPs và CA đều cho thấy rằng 362 SNP loci có liên quan vô cùng ý nghĩa với CA của 12 tình trạng bố mẹ. Những loci của chỉ thị SNP như vậy đối với CA trong nghiên cứu này đều được phân bố theo kiểu “genome wide” và tạo ra một ảnh hưởng tích cực hoặc tiêu cực trên CA của từng tính trạng. Đối với những tính trạng có liên quan đến năng suất lúa, ví dụ như độ dầy của hạt thóc (grain thickness), ngày gieo đến trỗ, chiều dài bông, chiều dài hạt và khối lượng 1.000 hạt, người ta ghi nhận có ảnh hưởng tích cực của SNP loci của CA trong dòng CMS A171 và dòng phục hồi phấn hoa LC64, LR27. Xét trên cá thể, một vài loci có liên quan nằm trên nhiễm sắc thể 2, 5, 7, 9, và 11 đạt giá trị tuyệt đối  đối với CA của những tính trạng phân tích. Theo đó, tác giả của công trình khoa học này đề nghị rằng ưu thế lai của giống lúa thuộc loại hình japonica sẽ được cải tiến thành công bằng phương pháp “pyramiding” (chồng gen đích) tại những loci SNP có ích của CA và giảm thiểu cả cloci không có ích từ những bộ genome của bố mẹ.

 

Xem https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28228768

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

 

Hình 1: Phân nhóm “total short reads” được định vị trên bản đồ của bộ genome cây lúa Nipponbare. Tổng số “reads” (16.3 × 106) được ghi nhận thông qua phương pháp GBS của 18 giống lúa japonica ở trung tâm vòng tròn. Số “unmapped reads” là 3.67 × 106 biểu thị bằng màu xanh blue. Số “short reads” là 9.86 × 106 biểu thị bằng màu nâu, tất cả được định vị trên bản đồ một cách đặc thù trên bộ genome tham chiếu. Vòng tròng màu xanh green biểu thị cho tính chất bản đồ “multiple” (2.78 × 106) của các “reads” có trên nhiễm sắc thể.

Trở lại      In      Số lần xem: 395

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Xác định mức độ hấp thụ Cd và Mn vào lúa (Oryza sativa) thông qua Nramp5
  • Quá ít Nitơ có thể hạn chế khả năng lưu trữ Carbon của cây
  • “Mặt tối” của vi khuẩn có ích trong đất
  • Các nhà khoa học đưa ra các biện pháp mới để bảo vệ cây bơ
  • Thiết lập Mạng lưới tế bào sinh học
  • Các nhà khoa học phát hiện ra các bước cuối cùng để tạo axit benzoic trong thực vật
  • Công bố bản đồ hoàn chỉnh biến thể gen của cây lúa
  • Tuần tin khoa học 297 (8-14/10/2012)
  • Phát hiện loài nấm móc Aspergillus sinh độc tố trong thực phẩm bằng phương pháp Multiplex PCR.
  • Sử dụng tinh dầu thực vật để chống nảy mầm cho khoai tây lưu kho
  • Nghiên cứu về khả năng thích ứng và tăng trưởng trong môi trường giàu mùn của loài nấm nút
  • Giải pháp kiểm soát sinh học loài sâu bướm Indianmeal nhờ ong bắp cày
  • Các nhà khoa học Niu Di-lân, Trung Quốc mong muốn cải thiện năng suất ngũ cốc bằng phát triển hạt giống
  • Phương pháp mới giúp giảm tỷ lệ tử vong ở lợn con
  • Ứng dụng Nobel Y học 2012 trong khôi phục võng mạc
  • Nghiên cứu gen kháng tuyến trùng ở đậu tương
  • Tuần tin khoa học 298 (15-21/10/2012)
  • Làm thế nào mà thực vật có hoa chiếm ưu thế trên trái đất
  • Ức chế gien có thể làm giảm tạo ngọt nhờ lạnh ở khoai tây
  • Đánh giá hiệu quả sản xuất Dừa ở nông hộ tỉnh Bến Tre
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD