Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Thiết lập chuỗi giá trị nông sản thông minh và an toàn tại Việt Nam Cà chua bi

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  15
 Số lượt truy cập :  33225364
Kỹ thuật SNP GENOTYPING cải tiến nội dung chọn tạo giống cây trồng
Thứ ba, 25-11-2014 | 08:02:51

 (High-Throughput SNP Genotyping to Accelerate Crop Improvement)

 

Michael J. Thomson

Viện Nghiên Cứu Lúa Gạo Quốc Tế (IRRI)

Plant Breeding and Biotechnology Journal, Tháng 9 -2014, 2(3): 195-212

 

TÓM TẮT

 

Những ưu điểm của kỹ thuật NGS (next-generation sequencing) và kỹ thuật “genotyping bằng chỉ thị SNP” cung cấp cho chúng ta những triển vọng to lớn, thúc đẩy kết quả chọn tạo giống cây trồng thuận lợi hơn. Kỹ thuật “High-throughput SNP genotyping” ghi nhận khá nhiều thuận lợi trên các hệ thống chỉ thị phân tử trước đây, bao gồm mức độ phong phú của những markers phân tử, thực hiện nhanh trên các quần thể lớn, đây là một loại hình của những hệ thống genotyping nhằm thỏa mãn các nhu cầu khác nhau. Chúng ta dễ dàng thực hiện đối với việc xác định tên alen, cũng như xác định cở sở dữ liệu vì bản chất bi-allelic của những chỉ thị SNP như vậy. Công nghệ NGS có thể giúp chúng ta đọc trình tự toàn bộ genome rất nhanh, Cung cấp nguồn khám phá SNP cực phong phú để chọn ra những markers có đủ thông tin đối với những tập đoàn giống lúa khác nhau. Các array có tính chất “highly multiplexed fixed” cho phép chúng ta tiếp cận với những phương pháp cực mạnh trong phân tích phần mềm GWAS (genome wide association studies). Mặt khác, thao tác thường xuyên của chỉ thị phân tử SNP có tính chất chuyên biệt với từng tính trạng, chúng yêu cầu phải rất linh hoạt, các hệ  thống đánh giá kiểu gen phải rẻ tiền với số lượng SNP ít hơn có thể bao phủ trên các quần thể con lai khá đồ sộ, người ta sử dụng các platforms có hệ thống hoàn toàn tự động hóa, ví dụ như Fluidigm`s Dynamic Arrays™, Douglas Scientific`s Array Tape™, LGC  để chạy những markers KASP™. Cùng một lúc, kỹ thuật GBS (genotyping by sequencing) nhanh chóng đang trở nên phổ biến, phục vụ yêu cầu “genome-wide scans” giá rẻ với mật độ cao thông qua công cụ “multiplexed sequencing”. Bài viết này thảo luận các phương án có thể hiện đại hóa giúp cho các nhà chọn giống hợp nhất được những chỉ thị SNP này vào trong chương trình chọn giống của họ, điều này được minh chứng thông qua những hoạt động hiện này tại Genotyping Services Lab của IRRI.

 

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch

 

Hình. 2. Sơ đồ lai phục vụ sự hợp nhất SNP genotyping vào trong các chương trình lai với sự trợ giúp của chỉ thị phân tử.

(A) Hồi giao nhờ marker  (MABC) và chồng gen tạo những QTL được người ta áp dụng để đưa nhanh các gen chủ lực và những QTLs chủ lực vào trong các giống lúa cao sản, thí dụ như giống lúa IR64 với các phối hợp khác nhau khi cho vào các QTLs;

(B) Chọn giống nhờ chỉ thị phân tử (MAS) có thể được sử dụng trong chọn phả hệ và chọn theo phương pháp trồng dồn nhằm giảm thiểu các dòng con lai không mong muốn và cố định các gen chủ lực trong quần thể con lai;

(C) Thực hiện kỹ thuật genomic selection với công cụ genome-wide scans nhằm tính toán giá trị GEBVs (genomic estimated breeding values), giá trị ấy có thể phối hợp với nội dung chọn lọc các gen chủ lực và  QTLs chủ lực khi các ảnh hưởng bị cố định để cải tiến mô phỏng toán học này.

Trở lại      In      Số lần xem: 3748

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bản đồ di truyền và chỉ thị phân tử trong trường hợp gen kháng phổ rộng bệnh đạo ôn của cây lúa, GEN Pi65(t), thông qua kỹ thuật NGS
  • Bản đồ QTL chống chịu mặn của cây lúa thông qua phân tích quần thể phân ly trồng dồn của các dòng con lai tái tổ hợp bằng 50k SNP CHIP
  • Tuần tin khoa học 479 (16-22/05/2016)
  • Áp dụng huỳnh quang để nghiên cứu diễn biến sự chết tế bào cây lúa khi nó bị nhiễm nấm gây bệnh đạo ôn Magnaporthe oryzae
  • Vai trò của phân hữu cơ chế biến trong việc nâng cao năng năng suất và hiệu quả kinh tế cho một số cây ngắn ngày trên đất xám đông Nam Bộ
  • Tuần tin khoa học 475 (18-24/04/2016)
  • Vi nhân giống cây măng tây (Asparagus officinalis L.)
  • Thiết lập cách cải thiện sản lượng sắn
  • Nghiên cứu xây dựng hệ thống dự báo, cảnh báo hạn hán cho Việt Nam với thời hạn đến 3 tháng
  • Liệu thủ phạm chính gây nóng lên toàn cầu có giúp ích được cho cây trồng?
  • Tuần tin khoa học 478 (09-15/05/2016)
  • Sinh vật đơn bào có khả năng học hỏi
  • Côn trùng có thể tìm ra cây nhiễm virus
  • Bản đồ QTL liên quan đến tính trạng nông học thông qua quần thể magic từ các dòng lúa indica được tuyển chọn
  • Nghiên cứu khẳng định số loài sinh vật trên trái đất nhiều hơn số sao trong giải ngân hà chúng ta
  • Cơ chế di truyền và hóa sinh về tính kháng rầy nâu của cây lúa
  • Vật liệu bọc thực phẩm ăn được, bảo quản trái cây tươi hơn 7 ngày mà không cần tủ lạnh
  • Giống đậu nành chống chịu mặn có GEN gmst1 làm giảm sự sinh ra ROS, tăng cường độ nhạy với ABA, và chống chịu STRESS phi sinh học của cây Arabidopsis thaliana
  • Khám phá hệ giác quan cảm nhận độ ẩm không khí ở côn trùng
  • Phương pháp bền vững để phát triển cây lương thực nhờ các hạt nano
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD