Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Thiết lập chuỗi giá trị nông sản thông minh và an toàn tại Việt Nam Cà chua bi

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  34
 Số lượt truy cập :  33259696
Minh chứng các gen tham chiếu trong phân tích thể hiện gen bằng kỹ thuật qRT-PCR đối với tính kháng bệnh đạo ôn do Magnaporthe oryzae.
Thứ tư, 31-08-2016 | 08:02:37

Nguồn: Che Omar S, Bentley MA, Morieri G, Preston GM, Gurr SJ. 2016. Validation of Reference Genes for Robust qRT-PCR Gene Expression Analysis in the Rice Blast Fungus Magnaporthe oryzae.

PLoS One. 2016 Aug 25; 11(8):e0160637.

TÓM TẮT

Bệnh đạo ôn lúa gây ra thất thoát rất lớn sản lượng thóc trên toàn thế giới. Nó còn cho người ta một mô phỏng có tính chất định hướng di truyền để nghiên cứu sự xâm nhiễm của nấm gây bệnh đạo ôn. Khi những vật thể được xác định mang tính chất phát sinh bệnh (pathogenicity determinants) chưa bộc lộ ra bên ngoài và chưa có sự thay đổi về biểu hiện gen qui mô toàn thế giới (do bản chất đồng tiến hóa của ký chủ và ký sinh); người ta biết rất ít về sự mô phỏng lại thành tế bào của nấm Magnaporthe oryzae. Các tác giả này rất tâm đắc với các gen có chức năng mô phỏng lại thành tế bào ấy (wall remodelling genes); chúng đã biểu hiện trong cả quá trình xâm nhiễm của nấm vào cây lúa, ở giai đoạn tăng trưởng với stress xảy ra bên ngoài thành tế bào, người ta cần phải chọn lọc các gen tham chiếu với số lượng vô cùng lớn (reference genes) trong cơ sở dữ liệu, thông qua kỹ thuật “quantitative Real Time-PCR: viết tắt là qRT-PCR) với dữ liệu mang tính chất tiêu chuẩn hóa. Họ đã mô tả sự ổn định trong biểu hiện gen của chín gen tham chiếu đóng vai trò gen ứng cử viên được “profiled” bằng kỹ thuật qRT-PCR với các phân tử cDNAs dẫn xuất từ sự phát triển ở trạng thái nấm vô tính, từ giai đoạn “perithecia” (dạng quả nấm) của nấm hữu tính và từ khuẩn ty (vegetative mycelium) mọc trên những stressors ngoại sinh rất nhiều kiểu khác nhau. Kết quả phân tích “Minimum Information for Publication of qRT-PCR Experiments” ( viết tắt là MIQE) cho thấy một loạt các gen tham chiếu với số lượng khổng lồ, được sử dụng để theo dõi dấu vết của những thay đổi sử thể hiện của gen “remodelling” thành tế bào; đó là gen MGG_Crh2 (MGG_00592). Họ sắp xếp thứ tự của chín gen tham chiếu có tính chất ứng cử viên ấy thông qua chỉ số ổn định thể hiện – chỉ số M (expression stability) và kết quả kết hợp gen tốt nhất, mà điều này vô cùng cần thiết để bình thường hóa sự thể hiện gen có tính chất đang tin cậy. Kết quả có từ xét nghiệm ba nhóm mô tế bào có tên quốc tế là Infective, Vegetative, và Globa; chúng thường được dùng trong nghiên cứu thể hiện gen của nấm M. oryzae. Họ còn tìm thấy MGG_Actin (MGG_0398240S 27a ribosomal subunit MGG_40s (MGG_02872) minh chứng các gen tham chiếu trong nhóm mô "Infection group”. Họ tìm thấy MGG_40sMGG_Ef1 (Elongation Factor1-α) minh chứng các gen tham chiếu trong nhóm mô “Vegetative group” và “Global group”. Sử dụng các gen tham chiếu được minh chứng vừa nói trên; sự thể hiện MGG_Crh2 của nấm M. oryzae được thấy có ý nghĩa ở xác suất p<0.05; cao gấp ba lần ở giai đoạn tăng trưởng so với các bào tử ở giai đoạn miên trạng (dormant) và cao gấp hai lần trong điều kiện thành tế bào bị stress (Congo Red) so với tăng trưởng trong điều kiện tối ưu. Người ta khuyến cáo sử dụng kết hợp hai gen tham chiếu, tùy theo k1ci cở tế bào (cytoskeleton) và tùy theo nh1om có chức năng tổng hợp thể ri bô, đó là MGG_Actin, MGG_40s, MGG_S8 (Ribosomal subunit 40S S8) hoặc MGG_Ef1, mà những gen ấy được minh chứng có các “M values” khá thấp trong những mô có tính chất dị hợp. Trái lại, các gen có trong chu trình biến dưỡng như MGG_Fad (FAD binding domain-containing protein) và MGG_Gapdh (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) đã hoạt động kém, do thiếu tính chất ổn định khi biểu hiện.

 

Xem http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27560664

GS Bùi Chí Bửu lược dịch

 

Hình 2. Xác định số các gen tham chiếu tối ưu (reference genes) đối với kết quả bình thường hóa một cách chính xác. Biểu đồ cho thấy sự biến thiên của giá trị “pairwise”, Vn/(n+1), giữa yếu tố “normalisation” NFnNFn+1 của chín gen tham chiếu ứng cử viên. Số lượng tối ưu của gen tham chiếu để có kết quả “normalisation” một cách chính xác được lấy từ con số bé nhấtđối với V – con số này thấp hơn giá trị “cut-off” là 0,15. Phân tích được lập lại trong ba nhóm mô tế bào chuẩn đó là: A) Infective; B) Vegetative, và; C) Global.

Trở lại      In      Số lần xem: 1616

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bản đồ di truyền và chỉ thị phân tử trong trường hợp gen kháng phổ rộng bệnh đạo ôn của cây lúa, GEN Pi65(t), thông qua kỹ thuật NGS
  • Bản đồ QTL chống chịu mặn của cây lúa thông qua phân tích quần thể phân ly trồng dồn của các dòng con lai tái tổ hợp bằng 50k SNP CHIP
  • Tuần tin khoa học 479 (16-22/05/2016)
  • Áp dụng huỳnh quang để nghiên cứu diễn biến sự chết tế bào cây lúa khi nó bị nhiễm nấm gây bệnh đạo ôn Magnaporthe oryzae
  • Vai trò của phân hữu cơ chế biến trong việc nâng cao năng năng suất và hiệu quả kinh tế cho một số cây ngắn ngày trên đất xám đông Nam Bộ
  • Tuần tin khoa học 475 (18-24/04/2016)
  • Vi nhân giống cây măng tây (Asparagus officinalis L.)
  • Thiết lập cách cải thiện sản lượng sắn
  • Nghiên cứu xây dựng hệ thống dự báo, cảnh báo hạn hán cho Việt Nam với thời hạn đến 3 tháng
  • Liệu thủ phạm chính gây nóng lên toàn cầu có giúp ích được cho cây trồng?
  • Tuần tin khoa học 478 (09-15/05/2016)
  • Sinh vật đơn bào có khả năng học hỏi
  • Côn trùng có thể tìm ra cây nhiễm virus
  • Bản đồ QTL liên quan đến tính trạng nông học thông qua quần thể magic từ các dòng lúa indica được tuyển chọn
  • Nghiên cứu khẳng định số loài sinh vật trên trái đất nhiều hơn số sao trong giải ngân hà chúng ta
  • Cơ chế di truyền và hóa sinh về tính kháng rầy nâu của cây lúa
  • Vật liệu bọc thực phẩm ăn được, bảo quản trái cây tươi hơn 7 ngày mà không cần tủ lạnh
  • Giống đậu nành chống chịu mặn có GEN gmst1 làm giảm sự sinh ra ROS, tăng cường độ nhạy với ABA, và chống chịu STRESS phi sinh học của cây Arabidopsis thaliana
  • Khám phá hệ giác quan cảm nhận độ ẩm không khí ở côn trùng
  • Phương pháp bền vững để phát triển cây lương thực nhờ các hạt nano
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD