Bên cạnh đó, quá trình thực hiện Nghị định 115 còn gặp những vướng mắc chủ yếu sau:

1. Chậm ban hành văn bản hướng dẫn từ một đến bốn năm

Việc ban hành các văn bản hướng dẫn thực hiện Nghị định 115 chậm từ một cho tới bốn năm so với yêu cầu. Chẳng hạn, Nghị định 96 (bổ sung Nghị định 115) được ban hành năm 2010 nhưng đến năm 2011 mới có hướng dẫn tại Thông tư 36/2011/TTLT/BKHCN-BTC-BNV và phải bốn năm sau là 2014 mới có Thông tư số 121/2014/TTLT/ BTC-BKHCN hướng dẫn xây dựng, quản lý, sử dụng và quyết toán kinh phí thực hiện nhiệm vụ thường xuyên đối với các tổ chức KH&CN công lập.

Đến nay, vẫn chưa có hướng dẫn tổ chức KH&CN về định mức và phương thức cấp tiền lương, tiền công, tiền chi hoạt động bộ máy trong kinh phí thực hiện nhiệm vụ KH&CN sử dụng ngân sách nhà nước cũng như hướng dẫn góp vốn bằng tiền, tài sản, giá trị quyền sử dụng đất và quyền sở hữu trí tuệ để thực hiện các hoạt động KH&CN, hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc thế chấp, vay vốn ngân hàng theo quy định tại Nghị định 115.

Văn bản hướng dẫn về các định mức tài chính khi thực hiện nhiệm vụ KH&CN có sử dụng ngân sách nhà nước của tổ chức KHC&N công lập quy định tại Thông tư liên tịch số 44/2007/TTLT/BTC- BKHCN ngày 7/5/2007 của Bộ Tài chính, Bộ Khoa học và Công nghệ đã lạc hậu với thực tiễn hiện nay, nhưng vẫn chưa được điều chỉnh, thay thế, gây khó khăn cho các tổ chức KH&CN khi thực hiện nhiệm vụ KH&CN.

Văn bản quy định về các nội dung khoán chi khi thực hiện nhiệm vụ KH&CN sử dụng ngân sách nhà nước quy định tại Thông tư liên tịch số 93/2006/TTLT/BTC-BKHCN ngày 04/10/2006 của Bộ Tài chính, Bộ Khoa học và Công nghệ sau gần 10 năm áp dụng đã bộc lộ nhiều bất hợp lý nhưng chưa được sửa đổi kịp thời. Việc khoán kinh phí chỉ áp dụng được với các các khoản chi vật tư, hóa chất, nguyên nhiên vật liệu đã có định mức kinh tế - kỹ thuật do các Bộ, ngành ban hành, còn không, phải chi theo thực tế với thủ tục hóa đơn, chứng từ rườm rà, phức tạp.

2. Thiếu đồng bộ của hệ thống văn bản pháp luật

Tổ chức KH&CN gặp khó khăn, vướng mắc còn do sự thiếu đồng bộ, mâu thuẫn của các quy định trong hệ thống văn bản pháp luật hiện hành:

- Nghị định 115 cho phép tổ chức KH&CN công lập được dùng quyền sử dụng đất để góp vốn, liên doanh, liên kết, sản xuất kinh doanh, thế chấp vay vốn ngân hàng. Nhưng trên thực tế không thực hiện được, bởi vì theo quy định của Luật Đất đai, các tổ chức được Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất không có quyền thế chấp, góp vốn bằng quyền sử dụng đất.

- Các tổ chức KH&CN, kể cả tổ chức KH&CN chưa tự trang trải kinh phí hoạt động thường xuyên trên thực tế không được quyền tự chủ về nhân lực theo Nghị định 115. Bởi vì, theo Luật Viên chức thì đơn vị sự nghiệp công lập không được giao quyền tự chủ về số người làm việc trong đơn vị, mà do Bộ Nội vụ phê duyệt vị trí việc làm. Điều này cản trở tính linh hoạt và quyền tự quyết của người đứng đầu tổ chức KH&CN trong việc xác định quy mô và bổ nhiệm nhân sự.

- Luật KH&CN năm 2013 đã cho phép bổ nhiệm, thuê đảm nhiệm chức danh lãnh đạo tổ chức KH&CN là người Việt Nam ở nước ngoài và người nước ngoài. Nhưng theo quy định tại Luật Cán bộ, Công chức thì người đứng đầu và cấp phó của người đứng đầu đơn vị sự nghiệp công lập là công chức và phải là công dân Việt Nam. Điều này dẫn đến vướng mắc việc thu hút chuyên gia trình độ cao là người Việt Nam ở nước ngoài và người nước ngoài để bổ nhiệm chức vụ lãnh đạo, quản lý của tổ chức KH&CN công lập.

- Nghị định 115 cho phép tổ chức KH&CN được quyền thành lập, sáp nhập, giải thể các đơn vị trực thuộc. Tuy nhiên, các tổ chức mới chỉ được tự chủ trong việc thành lập, giải thể các đơn vị trực thuộc không có tư cách pháp nhân, đối với các đơn vị có tư cách pháp nhân, việc thành lập, giải thể vẫn thuộc thẩm quyền quyết định của cơ quan chủ quản là các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.

3. Thiếu một số điều cụ thể

Nghị định 115 cơ bản đã đáp ứng yêu cầu thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của tổ chức KH&CN công lập. Tuy nhiên, thực tiễn áp dụng năm qua cho thấy Nghị định 115 cũng bộc lộ một số tồn tại cần được nghiên cứu, điều chỉnh để cụ thể hóa hơn, bảo đảm tính khả thi cao hơn:

Quy định về quyền tự chủ đối với tổ chức KH&CN tự trang trải kinh phí và tổ chức KH&CN chưa tự trang trải kinh phí hoạt động thường xuyên tại Nghị định 115 không có nhiều khác biệt đáng kể. Các tổ chức KH&CN đang được Nhà nước bảo đảm kinh phí hoạt động thường xuyên nhưng vẫn được trao quyền tự chủ như đối với tổ chức KH&CN tự trang trải kinh phí, gây sự bất bình đẳng giữa các tổ chức KH&CN.

Quy định bắt buộc tất cả các tổ chức nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, tổ chức dịch vụ KH&CN không thuộc diện được Nhà nước cấp kinh phí hoạt động thường xuyên theo phương thức khoán phải tự trang trải kinh phí hoạt động thường xuyên tại một thời hạn nhất định (31/12/2009 tại Nghị định 115 và 31/12/2013 tại Nghị định 96) là chưa phù hợp với thực tiễn. Bởi vì, khả năng tự trang trải kinh phí hoạt động thường xuyên của tổ chức KH&CN công lập phụ thuộc nhiều yếu tố chủ quan và khách quan như nguồn thu của tổ chức, năng lực nghiên cứu triển khai, trang thiết bị nghiên cứu, môi trường hoạt động…và chúng khác nhau ở mỗi tổ chức.

Quy định tại Nghị định 115 áp dụng đối với mọi tổ chức KH&CN trong các ngành, lĩnh vực khác nhau là chưa phù hợp. Ngoài ra, hệ thống tổ chức KH&CN công lập rất đa dạng, chịu sự quản lý hành chính theo cơ chế quản lý của các cơ quan chủ quản khác nhau là các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, đại học, trường đại học, doanh nghiệp nhà nước,… nên việc áp dụng chung một quy định duy nhất tại Nghị định 115 sẽ gặp phải khó khăn trong thực tiễn. Ví dụ, các tổ chức KH&CN trực thuộc các trường đại học không được giao quyền tự chủ về tài sản cũng như về nhân lực do cán bộ khoa học đều là cán bộ giảng dạy, kiêm nhiệm công tác nghiên cứu khoa học. Còn các tổ chức KH&CN thuộc tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước bị phụ thuộc nguồn kinh phí vào hiệu quả sản xuất, kinh doanh của các doanh nghiệp này.

- Tổ chức KH&CN công lập có thể có nhiều cấp trực thuộc (theo mô hình mẹ - con), trong khi đó Nghị định 115 áp dụng chung đối với cả tổ chức KH&CN mẹ và tổ chức KH&CN con, nên trong thực tế khi tổ chức KH&CN con chuyển đổi sang cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm theo Nghị định 115 thì tổ chức KH&CN mẹ sẽ khó thực hiện được tự chủ vì không có nguồn thu do thường không trực tiếp thực hiện các nhiệm vụ KH&CN, dịch vụ KH&CN mà chỉ làm nhiệm vụ trung gian, quản lý các đơn vị trực thuộc.

4. Hạn chế về tiềm lực của tổ chức KH&CN

Bên cạnh nhưng hạn chế khách quan về kinh phí hạn hẹp, các cán bộ nghiên cứu khoa học có mặt bằng trình độ thấp và các cán bộ giỏi đang bị mai một dần, đặc biệt là ở các sở khoa học địa phương, còn có những hạn chế đến từ chủ quan của các viện như:

Kết quả nghiên cứu của nhiều tổ chức KH&CN chưa đáp ứng được nhu cầu của thị trường và doanh nghiệp. Số lượng kết quả nghiên cứu được thương mại hóa còn rất ít, vì vậy các tổ chức này không có nguồn thu hoặc nguồn thu rất hạn chế để có thể thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm.

Khả năng tự trang trải kinh phí phụ thuộc vào nguồn thu của tổ chức KH&CN. Chỉ những tổ chức KH&CN có nhiều nguồn thu từ hoạt động KH&CN và có lợi nhuận ổn định thì mới thực hiện triệt để được cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm; ngược lại, những tổ chức KH&CN có chức năng đặc thù, năng lực hạn chế, kết quả nghiên cứu không thể hoặc khó thương mại hóa, không có nguồn thu từ hoạt động dịch vụ sẽ rất khó khăn nếu phải thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm, nhất là tự chủ về tài chính. Những năm qua, các tổ chức này chưa chuyển đổi nhưng cũng không bị cơ quan chủ quản sáp nhập, giải thể theo quy định tại Nghị định 115 (cho đến nay, hầu như chưa có tổ chức KH&CN nào bị sáp nhập, giải thể do hoạt động yếu kém hoặc không thực hiện lộ trình tự chủ theo quy định của Nghị định 115).

(Trích báo cáo của Bộ KH&CN tại Hội nghị)