Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Triển vọng giống đậu nành HLĐN910 trên đất trồng tiêu

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  10
 Số lượt truy cập :  21861900
Phát triển và đánh giá kết quả chạy “GWAS Coffee 8.5K SNP Array” và ứng dụng bản đồ di truyền mật độ phân giải cao nhằm tìm kiến nguồn gốc của cà phê chè Coffea arabica L.
Thứ năm, 14-03-2019 | 08:09:25

Nguồn: Merot-L'anthoene V, Tournebize R, Darracq O, Rattina V, Lepelley M, Bellanger L, Tranchant-Dubreuil C, Coulée M, Pégard M, Metairon S, Fournier C, Stoffelen P, Janssens SB, Kiwuka C, Musoli P, Sumirat U, Legnaté H, Kambale JL, Ferreira da Costa Neto J, Revel C, de Kochko A, Descombes P, Crouzillat D, Poncet V. 2018. Development and evaluation of a genome-wide Coffee 8.5K SNP array and its application for high-density genetic mapping and for investigating the origin of Coffea arabica L. Plant Biotechnol J. 2018 Dec 24. doi: 10.1111/pbi.13066.

TÓM TẮT

Loài cà phê Coffea canephora P. (robusta) và C. arabica L. (Hình: bông và hạt của Arabica) là loài cây trồng quan trọng của vùng nông nghiệp nhiệt đới. Loài C. arabica có bản chất di truyền tế bào là “allotetraploid” (2n = 4x = 44) có nguồn gốc từ sự lai chéo của hai loài lưỡng bội C. canephoraC. eugenioides (2n = 2x = 22). Thật lý thú, tổ tiên của chúng mang đặc biệt biến dị di truyền ở mức độ cao và trở thành nguồn gen quan trọng làm cho loài C. arabica  có nền tảng di truyền khá đa dạng. Ở đây, các nhà nghiên cứu đã mô tả sự phát triển, kết quả đánh giá và sử dụng công cụ bộ chỉ thị “SNP array” trên nhiều cá thể cây cà phê. Có tất cả 8.580 chỉ thị SNPs độc nhất và phản ánh thông tin rất tốt được sang lọc từ số liệu chạy trình tự DNA trên hệ gen cây C. canephoraC. Arabica. Người ta tìm thấy 40% chỉ thị SNP định vị trên những loci có khả năng đọc được chú thích của gen (annotation). Đặc biệt là, bộ “array” này có 227 markers gắn liền với 149 gen qui định những tính trạng nông học quan trọng cho cây cà phê chè. Trong số ấy, có 7.065 chỉ thị SNPs (~82.3%) được đánh giá theo thang điểm chuẩn; phân bố rải rác trong toàn hệ gen, với khoảng cách trung bình giữa những chỉ thị là 54.4 Kb. Căn cứ kết quả chạy trên bộ array này, người ta đã cải tiến bản đồ di truyền phân giải cao của hệ gen cây cà phê vối “Robusta” bằng cách bổ sung thêm 1307 chỉ thị SNP markers, trong khi đó có 945 chỉ thị SNPs được tìm thấy đang phân ly ở bản đồ dòng con lai của cà phê chè “Arabica”. Một panel của những mẫu giống thuộc loài cà phê C. canephora đã được tách biệt thành công và có hơnr 70% of chỉ thị phân tử SNP được chuyển đổi thành công chung cho cả 3 hệ gen của các loài cây cà phê nói trên. Thêm vào đó, hệ gen phụ (subgenome) dẫn xuất từ  canephora thành C. arabica được quan sát thấy có vẻ gần với các mẫu giống thuộc loài C. canephora tại vùng Bắc của Uganda hơn so với các quần thể cà phê hiện đang sử dụng khác. Kết quả này minh chứng rằng các chỉ thị phân tử SNP và bản đồ di truyền phân giải cao sẽ rất hữu dụng cho di truyền phân tử và cho nội dung cải tiến giống cà phê sau này.

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

Xem: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30582651

 

Hình 2: Phân bố di truyền của hệ gen theo công cụ “Coffee8.5K array SNPs”. (a) Phân bố trong hệ gen của 8580 chỉ thio5 phân tử SNPs, tổng hợp trên bộ array của 11 pseudo‐chromosomes và nhiễm sắc thể ảo (virtual pseudo‐chromosome 0) của những trình tự DNA chưa được neo giữ (unanchored sequences). Mỗi “pseudo‐chromosome” này được xác định có bao nhiêu SNPs markers trên từng loài cà phê (C. arabica, Ara hoặc C. canephora, Can), khoảng cách trung bình giữa những markers và mật độ của những chỉ thị phân tử liên quan đến kích thước của “pseudo‐chromosome”. (b) Bản đồ di truyền phân giải cao của C. canephora thong qua quần thể con lai BP409xQ121, có 11 nhóm lien kết (linkage groups). SNP markers (1307) được ghi nhận từ công cụ “Coffee8.5K array” biểu thị bằng màu đỏ.

Trở lại      In      Số lần xem: 502

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bản đồ di truyền và chỉ thị phân tử trong trường hợp gen kháng phổ rộng bệnh đạo ôn của cậy lúa, GEN Pi65(t), thông qua kỹ thuật NGS
  • Bản đồ QTL chống chịu mặn của cây lúa thông qua phân tích quần thể phân ly trồng dồn của các dòng con lai tái tổ hợp bằng 50k SNP CHIP
  • Tuần tin khoa học 479 (16-22/05/2016)
  • Áp dụng huỳnh quang để nghiên cứu diễn biến sự chết tế bào cây lúa khi nó bị nhiễm nấm gây bệnh đạo ôn Magnaporthe oryzae
  • Vai trò của phân hữu cơ chế biến trong việc nâng cao năng năng suất và hiệu quả kinh tế cho một số cây ngắn ngày trên đất xám đông Nam Bộ
  • Tuần tin khoa học 475 (18-24/04/2016)
  • Vi nhân giống cây măng tây (Asparagus officinalis L.)
  • Thiết lập cách cải thiện sản lượng sắn
  • Nghiên cứu xây dựng hệ thống dự báo, cảnh báo hạn hán cho Việt Nam với thời hạn đến 3 tháng
  • Liệu thủ phạm chính gây nóng lên toàn cầu có giúp ích được cho cây trồng?
  • Tuần tin khoa học 478 (09-15/05/2016)
  • Sinh vật đơn bào có khả năng học hỏi
  • Côn trùng có thể tìm ra cây nhiễm virus
  • Bản đồ QTL liên quan đến tính trạng nông học thông qua quần thể magic từ các dòng lúa indica được tuyển chọn
  • Nghiên cứu khẳng định số loài sinh vật trên trái đất nhiều hơn số sao trong giải ngân hà chúng ta
  • Cơ chế di truyền và hóa sinh về tính kháng rầy nâu của cây lúa
  • Vật liệu bọc thực phẩm ăn được, bảo quản trái cây tươi hơn 7 ngày mà không cần tủ lạnh
  • Giống đậu nành chống chịu mặn có GEN gmst1 làm giảm sự sinh ra ROS, tăng cường độ nhạy với ABA, và chống chịu STRESS phi sinh học của cây Arabidopsis thaliana
  • Khám phá hệ giác quan cảm nhận độ ẩm không khí ở côn trùng
  • Phương pháp bền vững để phát triển cây lương thực nhờ các hạt nano
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD