Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Nông nghiệp 4.0 – Cơ hội cho nông nghiệp Việt Nam

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  12
 Số lượt truy cập :  19010158
Tìm kiếm protein “Efector” từ hệ transcriptome ở giai đọan đầu tăng trưởng của tuyến trùng gây sưng rễ đậu nành
Thứ ba, 13-02-2018 | 10:25:29

Nguồn: Gardner M, Dhroso A, Johnson N, Davis EL, Baum TJ, Korkin D, Mitchum MG. 2018. Novel global effector mining from the transcriptome of early life stages of the soybean cyst nematode Heterodera glycines. Sci Rep. 2018 Feb 6;8(1):2505.

TÓM TẮT

Tuyến trùng gây sưng rễ đậu nành (SCN: Soybean cyst nematode, tên khoa học là Heterodera glycines) là ký sinh có tính chất bắt buộc (obligate) có liên quan đến sự tiết ra những “effector proteins” để thao tác những tiến trình sinh học trong tế bào cây chủ; mà những tiến trình ấy có xu hướng hình thành nên  một “feeding site” (vị trí để tuyến trùng tấn công) trong rễ cây đậu nành, nhằm đảm bảo sự sống sót và phát triển của tuyến trùng. Sự phức tạp trong chuỗi trình tự của hệ gen tuyến trùng và hiện tượng đồng tiến hóa đã gây áp lực trên những “effectors” như vậy; điều đó vẫn chưa được người ta biết nhiều. Ở đây, nhóm nghiên cứu đã xây dựng nên một hệ transcriptome de novo đặc trưng cho giai đoạn đầu tiên trong tang trưởng của SCN trên sự tương tác với cả hai loài ký chủ “thích hợp” và “không thích hợp” nhằm tạo ra điều kiện tốt nhất cho sự tìm kiếm “effector” trên qui mô toàn cầu, khi chúng ta chưa có đầy đủ hệ gen của SCN đã được thông tin một cách chi tiết (annonated genome). Họ đã thực hiện một chiến lược có tên gọi là “dual effector prediction” (dự đoán effector cặp đôi) để có thể biết được “effector” mới bằng công cụ “prediction tool”, “N-Preffector”, với một hệ thống dự đoán protein được tiết ra theo cách thức truyền thống để  tìm kiếm một effector mới hoặc dự báo những ứng cử viên của “effector”. Phân tích đã cho kết quả phân biệt được những effectors đồng tiến hóa với kiểu gen của cây chủ; chúng được chuyển đổi bởi pathogen để duy trì chức năng cơ bản trong quá trình chúng ký sinh rễ đậu nành, kết qủa chứng minh rằng: sự kiện splicing (cắt intron, nối exon) xen kẻ như vậy là cơ chế được sử dụng để định dạng các “effector”. Bên cạnh đó, họ còn xác định được sự hiện diện của nhưng cư dân khác, ví dụ như virus và vi sinh vật với các thông tin về trình tự DNA. Hệ transcriptome này đặc trưng cho những trình tự cho toàn bộ hệ gen tuyến trùng hiện này, có khả năng đối với SCN và có thể được người ta sử dụng như một công cụ hữu ích để thực hiện “annotation” (giải thích trình tự DNA) cho toàn bộ hệ gen tuyến trùng.

 

Xem https://www.nature.com/articles/s41598-018-20536-5

 

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

 

Description: Figure 1

Hình 1: Sự phân bố loài tuyến trùng tương đồng với H. Glycines trên cơ sở so sánh số phân tử transcript. Giá trị tương đồng được dự đoán theo “BLASTX search” dựa trên nhiều cơ sở dữ liệu protein ở mức “e-value cut off” là “1e–5”. Hai mươi loài đứng tốp đầu có giá trị tương đồng tốt nhất được biểu thị ở đây. Sự tiến hóa của loài được ghi nhận từ cơ sở dữ liệu “NCBI Taxonomy Browser”hiển thị bằng “IcyTree”.

Trở lại      In      Số lần xem: 341

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bản đồ di truyền và chỉ thị phân tử trong trường hợp gen kháng phổ rộng bệnh đạo ôn của cậy lúa, GEN Pi65(t), thông qua kỹ thuật NGS
  • Bản đồ QTL chống chịu mặn của cây lúa thông qua phân tích quần thể phân ly trồng dồn của các dòng con lai tái tổ hợp bằng 50k SNP CHIP
  • Tuần tin khoa học 479 (16-22/05/2016)
  • Áp dụng huỳnh quang để nghiên cứu diễn biến sự chết tế bào cây lúa khi nó bị nhiễm nấm gây bệnh đạo ôn Magnaporthe oryzae
  • Vai trò của phân hữu cơ chế biến trong việc nâng cao năng năng suất và hiệu quả kinh tế cho một số cây ngắn ngày trên đất xám đông Nam Bộ
  • Tuần tin khoa học 475 (18-24/04/2016)
  • Vi nhân giống cây măng tây (Asparagus officinalis L.)
  • Thiết lập cách cải thiện sản lượng sắn
  • Nghiên cứu xây dựng hệ thống dự báo, cảnh báo hạn hán cho Việt Nam với thời hạn đến 3 tháng
  • Liệu thủ phạm chính gây nóng lên toàn cầu có giúp ích được cho cây trồng?
  • Tuần tin khoa học 478 (09-15/05/2016)
  • Sinh vật đơn bào có khả năng học hỏi
  • Côn trùng có thể tìm ra cây nhiễm virus
  • Bản đồ QTL liên quan đến tính trạng nông học thông qua quần thể magic từ các dòng lúa indica được tuyển chọn
  • Nghiên cứu khẳng định số loài sinh vật trên trái đất nhiều hơn số sao trong giải ngân hà chúng ta
  • Cơ chế di truyền và hóa sinh về tính kháng rầy nâu của cây lúa
  • Vật liệu bọc thực phẩm ăn được, bảo quản trái cây tươi hơn 7 ngày mà không cần tủ lạnh
  • Giống đậu nành chống chịu mặn có GEN gmst1 làm giảm sự sinh ra ROS, tăng cường độ nhạy với ABA, và chống chịu STRESS phi sinh học của cây Arabidopsis thaliana
  • Khám phá hệ giác quan cảm nhận độ ẩm không khí ở côn trùng
  • Phương pháp bền vững để phát triển cây lương thực nhờ các hạt nano
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD