Tuần tin khoa học 842 (05-11/06/2023)
Thứ bảy, 03-06-2023 | 05:41:47
|
Gen OsMADS27 và tính chống chịu mặn của cây lúa
Nguồn: Alamin Alfatih, Jing Zhang, Ying Song, Sami Ullah Jan, Zi-Sheng Zhang, Jin-Qiu Xia, Zheng-Yi Zhang, Tahmina Nazish, Jie Wu, Ping-Xia Zhao, Cheng-Bin Xiang. 2023. Nitrate-responsive OsMADS27 promotes salt tolerance in rice. Plant Commun.; 2023 Mar 13; 4(2):100458. doi: 10.1016/j.xplc.2022.100458.
Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36199247/
Giải trình tự toàn bộ hệ gen và cca1c định gen ứng cử viên điều khiển kháng bệnh rỉ sắt R12 trong cây hướng dương (Helianthus annuus L.)
Nguồn: G. J. Ma, Z. I. Talukder, Q. J. Song, X. H. Li & L. L. Qi. 2023. Whole-genome sequencing enables molecular dissection and candidate gene identification of the rust resistance gene R12 in sunflower (Helianthus annuus L.). Theoretical and Applied Genetics June 2023; vol. 136, Article number: 143
Bệnh rỉ sắt (rust) là bệnh gây hại nghiêm trọng cho cây hướng dương, làm giảm năng suất hạt hướng dương ở quy mô toàn cầu. Xác định và sử dụng giống kháng bệnh là cách thức kinh tế nhất để quản lý bệnh này. Gen kháng bệnh rỉ sắt có tên là R12 có phổ kháng rộng, chuyên tính (broad-spectrum specificity) với bệnh rỉ sắt định vị tại vùng có độ lớn phân tử 2,4 Mb trên nhiễm sắc thể 11. Muốn hiểu được cơ chế phân tử của tính kháng, người ta tiến hành chạy trình tự DNA trên toàn hệ gen của RHA 464 (dòng hướng dương cho gen R12) và thực hiện fine-mapping hệ genome tham chiếu của gen R12. Nhìn chung, người ta sử dụng 213 chỉ thị phân tử bao gồm 186 SNPs và 27 SSRs được phân lập trong vùng đích của trình tự RHA 464, sử dụng kết quả ấy để điều tra tính đa hình giữa giống bố mẹ HA 89 và giống RHA 464. Thực hiện “saturation mapping” xác định được 26 markers mới định vị trong vùng R12. Kết quả “fine mapping” trong quần thể lớn bao gồm 2004 cá thể đã định vị được gen R12 với khoảng cách di truyền là 0,1248 cM với hai markers SNP kế cận có tên là C11_150451336 và S11_189205190. Một gen, HanXRQChr11g0348661, liên quan đến cơ chế tự vệ NB-ARC-LRR domain, được người ta phân lập trong XRQr1.0 genome assembly tại vùng chứa gen R12; người ta dự đoán đó là gen ứng cử viên tiềm năng R12. Phân tích so sánh, người ta phân biệt rõ giữa R12 với R14, gen này định vị gần với gen R12 trên nhiễm sắc thể 11. Ba chỉ thị phân tử SNP dùng để chẩn đoán là C11_147181749, C11_147312085, và C11_149085167, rất chuyên biệt với gen R12 được phát triển trong nghiên cứu này, giúp nhà chọn giống chọn lựa chu1nh xác và hiệu quả dòng mang gen kháng bệnh rỉ sắt treong cây hướng dương. Nghiên cứu này cung cấp một nguồn di truyền mới và bắt đầu dòng hóa gen R12 trong tương lai.
Xem https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-023-04389-9
Thực hiện “resequencing” hệ gen đậu nành & tính kháng bệnh khảm siêu vi SMV-SC8
Nguồn; Jiahao Chu, Wenlong Li, Zhanwu Yang, Zhenqi Shao, Hua Zhang, Shaoda Rong, Youbin Kong, Hui Du, Xihuan Li & Caiying Zhang. 2023. Genome resequencing reveals genetic loci and genes conferring resistance to SMV-SC8 in soybean. Theoretical and Applied Genetics June 2023; vol. 136, Article number: 129
Soybean mosaic virus (SMV), bệnh khảm siêu vi của đậu nành do siêu vi thuộc Potyvirus có mặt trên tất cả vùng trồng đậu nành của thế giới, làm thất thu năng suất nghiêm trọng và làm giảm phẩm chất hạt. Theo nghiên cứu này, quần thể tự nhiên gồm 209 mẫu giống đậu nành được “resequenced” ở giá trị “depth” trung bình là 18,44 × và quần thể con lai RIL có tất cả 193 dòng. Tất cả được sử dụng để khai thác những loci di truền và các gen mục tiêu có liên quan đến tính kháng SMV-SC8. Người ta sử dụng 3030 chỉ thị SNPs gắn liền với tính kháng SC8 một cách có ý nghĩa trên nhiễm sắc thể 13 của tập đoàn giống đậu nành tự nhiên, trong 327 SNPs ấy, người ta định vị chúng trong quãng phân tử có độ lớn ~ 0,14Mb (từ 28,46 đến 28,60Mb) của QTL chủ lực qRsc8F trong quần thể con lai RIL. Hai gen của 21 gen ứng cử viên, đó là GmMACPF1 và GmRad60, được người ta phân lập trong vùng bao gồm cả ảnh hưởng “linkage” và “association”. So với nội dung kiểm soát giả định (mock control), các thay đổi trong biểu hiện của hai gen này sau khi chủng nguồn siêu vi SC8 đã cho thấy khác biệt giữa mẫu giống kháng với mẫu giống nhiễm. Quan trọng hơn là, GmMACPF1 gắn với kết quả kháng siêu vi SC8 bởi kết quả làm giảm đáng kể lượng virus trong rễ tơ đậu nành, biểu hiện mạnh mẽ gen này. Một marker có chức năng, FMSC8, được người ta phát triển trên cơ sở biến thiên alen của gen GmMACPF1, có tỷ lệ trùng khớp cao đến 80,19% giữa chỉ số bệnh và “marker genotype” mà người ta xác định trong 419 mẫu giống đậu nành tự nhiên. Đây là nguồn vật liệu rất giá trị trong cơ chế phân tử của tính kháng SMV và cải tiến di truyền giống đậu nành.
Xem https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-023-04373-3
Xác định trong hệ gen rộng đối với họ gen DUF668 của khoai lang [Ipomoea batatas (L.) Lam] liên quan đến tính chống chịu khô hạn và mặn
Nguồn: Enliang Liu, Zhiqiang Li, Zhengqian Luo, Linli Xu, Ping Jin, Shun Ji, Guohui Zhou, Zhenyang Wang, Zhilin Zhou, Hua Zhang. 2023. Genome-Wide Identification of DUF668 Gene Family and Expression Analysis under Drought and Salt Stresses in Sweet Potato [Ipomoea batatas (L.) Lam]. Genes (Basel); 2023 Jan 14; 14(1):217. doi: 10.3390/genes14010217.
Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36672958/
Hình: Vị trí trên nhiễm sắc thể của các gen DUF668 trong cây khoai lang Ipomoea batatas (L.) Lam. |
![]() ![]() ![]() |
[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
|