Tuần tin khoa học 857 (18-24/09/2023)
Thứ bảy, 16-09-2023 | 06:20:28
|
Phân tích transcriptome vào giai đoạn phát triển trái sầu riêng (Durio zibethinus Murr.); giống D24
Nguồn: Nurul Arneida Husin, Sadequr Rahman, Rohini Karunakaran, Subhash Janardhan Bhore. 2023. Transcriptome analysis during fruit developmental stages in durian (Durio zibethinus Murr.) var. D24. Genet Mol Biol.; 2023 Jan 6; 45(4):e20210379. doi:10.1590/1678-4685-GMB-2021-0379.
Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36622241/
Theo dõi hệ gen tổng thể và định tính chỉ thị phân tử SSR cho cây điều và thiết kế cơ sở dữ liệu web-site của những microsatellites
Nguồn: CMDB Siddanna Savadi, B M Muralidhara, V Venkataravanappa, J D Adiga. 2023. Genome-wide survey and characterization of microsatellites in cashew and design of a web-based microsatellite database:
Do vậy, người ta tiến hành nghiên cứu những microsatellites/SSRs một cách toàn diện trên hệ gen tổng thể và định tính chỉ thị phân tử ấy trong cây điều, phát triển các markers đa hình, xây dựng cở sở dữ liệu “web-based microsatellite”. Có tất cả 54.526 SSRs được tìm thấy trong genome cây điều, với tần suất trung bình là 153 SSRs/Mb. Trong những chỉ thị “genome-wide SSRs” (2-6 bp size motifs), chỉ thị có “dinucleotide repeat motifs” chiếm con số vượt trội (68,98%) theo sau là motif “trinucleotides” (24,56%). Loại hình Class I của SSRs (≥20 bp) chiếm 45,10%, Class II (≥12-<20 bp) chiếm 54,89% trên tổng số SSRs được tìm thấy. Bên cạnh đó, loại hình chỉ thị “AT-rich SSRs” có tần suất nhận diện cao nhất trong genome cây điều (84%) so với chỉ thị “GC-rich SSRs”. Minh chứng này gắn với chỉ thị “in silico-mined genome-wide SSRs” thông qua kết quả chạy PCR trong nhiều giống điều cho thấy có 59 markers đa hình, giá trị PIC (polymorphism information content) của những chỉ thị phân tử SSR ấy biến thiên từ 0,19 đến 0,84. Cơ sở dữ liệu có tên “web-based database” là "Cashew Microsatellite Database (CMDB)," được người ta thiết lập để tiếp cận với phương pháp “genome-wide SSRs” nhằm tìm kiếm gen đích theo nghiên cứu này cũng như nghiên cứu “transcriptome-based SSRs” (chỉ thị trên cơ sở transcriptome) từ kết quả nghiên cứu trước đây của tác giả thông qua một “interface” phục vụ nghiên cứu sử dụng rất thân thiện. Bên cạnh đó, CMDB cung cấp thông tin những chĩ thị SSRs được minh chứng qua thí nghiệm. CMDB cho phép truy xuất thông tin chỉ thị SSR với các phương án tìm kiếm tùy theo điều chỉnh của người sử dụng. Như vậy, việc định tính chỉ thị SSRs trên toàn hệ gen, những markers đa hình và cơ sở dữ liệu CMDB đã được phát triển, sẽ phục vụ những nguồn marker giá trị cho kỹ thuật “DNA fingerprinting”, định tính vật liệu bố mẹ, các nghiên cứu di truyền, và phục vụ chọn giống trên cơ sở phân tử giống điều cũng như các loài có liên hệ với chi Anacardium .
Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37670858/
Hình: Tần suất phấn bố các chỉ thị SSR trong hệ gen cây điều. (A) Tần suất motif tính theo đơn vị chiều dài phân tử (K-mers); (B) Tần suất motifs theo thành phần nucleotide.
Di truyền tính trạng kiến trúc rễ cây bắp (RSA)
Nguồn: Zhigang Liu, Pengcheng Li, Wei Ren, Zhe Chen, Toluwase Olukayode, Guohua Mi, Lixing Yuan, Fanjun Chen & Qingchun Pan. 2023. Hybrid performance evaluation and genome-wide association analysis of root system architecture in a maize association population. Theoretical and Applied Genetics September 2023; vol. 136, Article number: 194
Tính trạng RSA (root system architecture) là tính trạng rất cần thiết quy định hiệu quả hấp thu nước và dinh dưỡng của cây bắp. Tuy nhiên, kiến trúc di truyền của tính trạng RSA còn được biết rất ít bởi nhiều thách thức về định tính những tính trạng có liên quan đến rễ bắp, người ta thiếu nhiều chỉ thị phân tử liên kết với chúng. Kết quả ở đây, người ta tạo nên bản đồ di truyền kiểu “association mapping” với tập đoàn giống bắp bao gồm 356 dòng cận giao được lai với dòng tester chung là Zheng58, và thực hiện “test crosses”; người ta đ1nh giá kiểu hình của 12 tính trạng RSA tại 3 địa điểm. Tác giả ghi nhận một biến dị di truyền “1.3 ~ sixfold” đối với tính trạng RSA trong tập đoàn giống “association panel”. Tập đoàn giống bắp này có 4 “subpopulations”, đó là: dòng non-stiff stalk (NSS), stiff stalk (SS), tropical/subtropical (TST), và dòng hổn hợp (mixed). Cặp lai Zheng58 × TST có số rễ crown (CRN: crown root number) cao hơn 2,1% và có số rễ brace (BRN) ít hơn 8.6% so với cặp lai Zheng58 × NSS và Zheng58 × SS, theo thứ tự. Sử dụng GWAS với 1,25 triệu chỉ thị SNPs và “correction” đối với kiến trúc quần thể, có 191 chỉ thị SNPs đa hình được xác định đối với những tính trạng rễ bắp. Chín mươi SNPs (47%) đa hình, biểu hiện ảnh hưởng allelic dương tính, và 101 chỉ thị SNPs (53%) biểu thị ảnh hưởng âm tính. Mỗi locus có thể giải thích được 0,39% đến 11,8% biến thiên kiểu hình. Khi tích hợp kết quả GWAS với kết quả so sánh “coexpression networks”, có 26 gen ứng cử viên đáng tin cậy được người ta phân lập. Gen GRMZM2G377215, thuộc họ gen COBRA-like, có ảnh hưởng đến sự tăng trưởng và phát triển rễ bắp. Gen GRMZM2G468657 mã hóa aspartic proteinase nepenthesin-1, có liên quan đến sự phát triển rễ và phản ứng với thiếu N. Như vậy, kết quả đã cung cấp một tiến bộ mới trong nghiên cứu di truyền về kiến trúc của rễ bắp. Kết quả nghiên cứu này sẽ phục vụ cho mục tiêu cải tiến di truyền các tính trạng rễ của cây bắp trong chương trình chọn tạo giống mới.
Xemhttps://link.springer.com/article/10.1007/s00122-023-04442-7
Di truyền tính chống chịu lạnh của cây xoài ( Mangifera indica)
Nguồn; Yajie Zhang, Yubo Li, Jing Yang, Xinli Yang, Shengbei Chen, Zhouli Xie, Mingjie Zhang, Yanlei Huang, Jinghong Zhang, Xing Huang. 2023. Genome-Wide Analysis and Expression of Cyclic Nucleotide-Gated Ion Channel ( CNGC) Family Genes under Cold Stress in Mango ( Mangifera indica). Plants (Basel); 2023 Jan 29; 12(3):592. doi: 10.3390/plants12030592.
Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36771676/
Những cặp mồi dùng trong qRT-PCR. |
![]() ![]() ![]() |
[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
|