Thực hiện GBS & GWAS đối với gen gây độc tính của nấm đạo ôn lúa

Nguồn: Korinsak S, Tangphatsornruang S, Pootakham W, Wanchana S, Plabpla A, Jantasuriyarat C, Patarapuwadol S, Vanavichit A, Toojinda T. Genome-wide association mapping of virulence gene in rice blast fungus Magnaporthe oryzae using a genotyping by sequencing approach. Genomics. 2018 May 15. pii: S0888-7543(18)30006-5.

TÓM TẮT

Magnaporthe oryzae là vi nấm gây bệnh đạo ôn cho cây lúa và một số loài cây khác. Theo nghiên cứu này, bảy mươi ba mẫu phân lập (isolates) của nấm M. oryzae được thu thập từ giống lúa trồng (Oryza sativa L.) tại Thái Lan vào năm 1996-2014, đã được tiến hành đánh giá kiểu gen thông qua kỹ thuật GBS (genotyping-by-sequencing) để tìm hiểu biến dị di truyền của chúng. Bên cạnh đó, người ta cũng tiến hành phân tích GWAS để xác định chỉ thị SNPs (single nucleotide polymorphisms) liên quan đến các gen điều khiển độc tính của nấm, thông qua 831 chỉ thị phân tử SNP có chọn lọc và thông qua đánh giá kiểu hình nhiễm bệnh của giống lúa địa phương và giống lúa cải tiến. Cấu trúc quần thể được phân tích biểu thị có 8 quần thể phụ (subpopulations). Như vậy sẽ có tám nhóm di truyền không liên quan đến mức độ độc tính. Phân tích “association mapping” cho thấy có 5 chỉ thị SNPs liên quan đến độc tính của nấm, định vị trên nhiễm sắc thể 1, 2, 3, 4 và 7. Chỉ thị phân tử SNP trên nhiễm sắc thể 1 liên quan đến độc tính chống lại gen RD6-Pi7 và IRBL7-M mà những gen này có thể liên kết với gen AvrPi7 đã được báo cáo trước đây.

Xem: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754318300065?via%3Dihub

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

Hình 1: Giá trị LD (Linkage disequilibrium) được xem xét trên cơ sở 831 chỉ thị phân tử SNP định vị trên 7 nhiễm sắc thể của hệ gen nấm M. oryzae và giá trị “supercontig” là 8,8 của 73 mẫu phân lập nấm M. oryzae thu thập tại Thái Lan.