Công trình của Oteng-Frimpong và ctv. (2012), ĐHGhana, Legon, Ghana đã giải mã trình tự virus gây bệnh khảm trên sắn. Bệnh này do caused một hoặc tập họp các “cassava mosaic geminiviruses” gây ra. Đây là bệnh gây thiệt hại năng suất sắn nghiêm trọng trên thế giới. Sử dụng enzymes có tính chất độc nhất và có khả năng khuếch đại theo chu kỳ khép kín, toàn bộ genome của hai loài geminivirus đã được giải mã từ những cây sắn bị bệnh ở Ghana, chúng được dòng hóa trong plasmid pCambia 1300 và pET-28b. Trình tự của những genomes này được xác định trên máy ABI sequencer và người ta thực hiện so sánh “pairwise” với những geminiviruses khác trên cây sắn bị nhiễm bệnh tại nhiều nước khác nhau.

Người ta phân ra:

1. African cassava mosaic virus (ACMV)
2. East African cassava mosaic virus (EACMV)-like

Chúng có mức độ giống nhau theo chuỗi trình tự khá cao 94% trong nhóm1 và 80% trong nhóm 2, trên cơ sở so sánh thành phần DNA-A và DNA-B của từng virus.

Mức độ giống nhau là 66% ở CR của A (common region) và 41% ở CR của B.

Phân tử DNA-A của ACMV và EACMV-like chứa 2781 và 2800 nucleotides, theo thứ tự.Thành phần củaDNA-A và DNA-B có 2725 và  2734 nucleotides, theo thứ tự.

Hình 4. Cây gia hệ (1000 boot strap replications) thể hiện mối quan hệ của “toàn bộ trình tự DNA-A” giữa những mẫu phân lập của geminivirus (màu xanh dương) với mosaic geminiviruses khác.

TGMV-YVTomato golden mosaic virus. ACMV-[CI]: African cassava mosaic virus-[Côte d'Ivoire] (AF259894); ACMV-[NG/Ogo], African cassava mosaic virus-[Nigeria-Ogo] (AJ427910); ACMV-[CM/D02], African cassava mosaic virus-[Cameroon D02] (AF366902); ACMV-[CM/D03], African cassava mosaic virus-[Cameroon D03] (AY211885); ACMV-[CM/Mg], African cassava mosaic virus-[Cameroon Mg] (AY211884); ACMV-[CM], African cassava mosaic virus-[Cameroon] (AF112352); ACMV-[KE], African cassava mosaic virus-[Kenya] (J02057); ACMV-[NG], African cassava mosaic virus-[Nigeria] (X17095); ACMV-UGMld, African cassava mosaic virus-Uganda mild (AF126800); ACMV-UGSvr, African cassava mosaic virus-Uganda severe (AF126802); EACMCV-[CM/KO], East African cassava mosaic Cameroon virus-[Cameroon KO] (AY211887); EACMCV-[CM], East African cassava mosaic Cameroon virus-[Cameroon] (AF112354); EACMCV-[CI], East African cassava mosaic Cameroon virus-[Côte d'Ivoire] (AF259896); EACMMV-[K], East African cassava mosaic Malawi virus-[K] (AJ006460); EACMMV-[MH], East African cassava mosaic Malawi virus-[MH] (AJ006459); EACMV-[KE/k2B], East African cassava mosaic virus [Kenya-K2B] (AJ006458); EACMV-[TZ], East African cassava mosaic virus-[Tanzania] (Z53256); EACMV-UG2[2], East African cassava mosaic virus-Uganda2[2] (Z83257); EACMV-UG2Mld, East African cassava mosaic virus-Uganda2 mild (AF126804); EACMV-UG2Svr, East African cassava mosaic virus-Uganda2 severe (AF126806); EACMZV-[KE/Kil], East African cassava mosaic Zanzibar virus-[Kenya -Kil] (AJ516003); EACMZV-[ZB], East African cassava mosaic Zanzibar Virus – [Zanzibar] (AF422174); ICMV-[Adi2], Indian cassava mosaic virus – [Adivaram 2] (AJ575819); ICMV-[Mah], Indian cassava mosaic virus – [Maharashstra] (AJ314739); ICMV-[Mah2], Indian cassava mosaic virus – [Maharashstra 2] (AY730035); ICMV-[Tri], Indian cassava mosaic virus – [Trivandrum] (Z24758); SACMV-[M12], South African cassava mosaic virus-[Madagascar M12] (AJ422132); SACMV-[ZA], South African cassava mosaic virus – [South Africa] (AF155806); SACMV-[ZW], South African cassava mosaic virus – [Zimbabwe] (AJ575560); SLCMV-[Adi], Sri-Lankan cassava mosaic virus-[Adivaram] (AJ579307); SLCMV-[Col], Sri-Lankan cassava mosaic virus-[Colombo] (AF314737); SLCMV-[Sal], Sri-Lankan cassava mosaic virus-[Salem] (AJ607394).

Ndunguru et al.Virology Journal 2005 2:21   doi:10.1186/1743-422X-2-21.