Bệnh CBB (cassava bacterial blight) do vi khuẩn Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (viết tắt là Xam), là bệnh vi khuẩn quan trọng nhất đối với canh tác sắn. Bệnh cạnh việc giải mã thành công genome cây sắn, người ta cũng tiến hành giải mã genome vi khuẩn này. Người ta cố gắng tìm những biện pháp hạn chế tốt nhất các thành phần gây nên độc tính của một quần thể vi khuẩn nào đó. Người ta cũng thực hiện thành công việc giải mã bộ gen ban đầu (draft genomes) của 65 Xam strains (Rebecca Bart và ctv. 2012).Từ đó, người ta vẽ ra cây gia hệ các strains có liên quan đến các Xam xuyên qua nhiều vùng điểm nóng của bệnh. Sử dụng cơ sở dữ liệu khá phong phú vềeffector proteins của động vật và pathogens gây bệnh cây trồng, người ta phân lập được effector repertoire đối với từng chủng (strain) đã được giải mã. Thực hiện phân tích so sánh chuỗi trình tự để suy ra những effectors có tính chất bảo thủ nhất và cho đa hình nhiều nhất. Những effectors có tính bảo thủ cao như vậy đã và đang được duy trì tại 11 quốc gia thuộc 3 Châu lục.

Hình 3. Phân lập toàn bộ gen bằng SNP để phân tích di truyền huyết thống các Xam strains. Hình A so với B biểu thị sự khác biệt về mối quan hệ di truyền huyết thống khi INDELs không cho phép du nhập vào ( A ) hoặc cho phép nhập vàp included ( B ).

A. CLC Genomics Workbench được sử dụng để tham khảo

B. Cây đa hệ trên cơ sở SNP của vi khuẩn thuộc các strains ở Brazil

Dấu * có nghĩa là ít hơn 100-boot strap hỗ trợ (Rebecca Bart và ctv. 2012)

TÀI LIỆU THAM KHẢO

Rebecca Bart et al. (2012). High-throughput genomic sequencing of cassava bacterial blight strains identifies conserved effectors to target for durable resistance. PNAS on line E1972–E1979