Phân tích phổ protein iTRAQ trong động thái phát triển của cây đậu nành

Nguồn: Qin J, Zhang J, Wang F, Wang J, Zheng Z, Yin C, Chen H, Shi A, Zhang B, Chen P, Zhang M. 2017. iTRAQ protein profile analysis of developmental dynamics in soybean [Glycine max (L.) Merr.] leaves. PLoS One. 2017 Sep 27; 12(9):e0181910. doi: 10.1371/journal.pone.0181910. eCollection 2017.

TÓM TẮT

Zao5241 là giống đậu nành triển vọng [Glycine max (L.) Merr.] và là nguồn vật liệu làm bố mẹ trong chương trình lai đậu nành ở Trung Quốc. Theo kết quả nghiên cứu này, người ta phân tích protein iTRAQ với qui mô nghiên cứu “proteomes” (hệ protein) và sự thể hiện các phổ protein (protein profiles) của giống đậu nành Zao5241 trong giai đoạn cây phát triển lá. Họ đã phân lập được 1.245 proteins trong tất cả các thí nghiệm có liên quan, trong số đó, chỉ có 45 protein được chú thích chuỗi trình tự (annotated). Trong các protein chồng lấp lên nhau ở phổ thể hiện, có 3 trạng thái lập lại (replicates), 598 proteinscó hai chuỗi peptide dị biệt (unique peptides) đã được phân lập một cách đánh tin cậy về chất lượng. Cơ sở dữ liệu các protein ấy được chia ra thành 36 “GO functional terms”, và “term” có chức năng quang hợp biểu hiện nhiều nhất. Trong tổng số 113 proteins được định tính dầy đủ, chúng thể hiện hết sức khác biệt nhau trong giai đoạn cây đậu nành phát triển lá; 41 proteins được tìm thấy biểu hiện rõ nhất ở giai đoạn cây có lá được hai đến bốn tuần tuổi, và có  84 proteins biểu hiện rõ ở giai đoạn cây có lá được 2 đến 6 tuần tuổi. Phân tích nhóm protein cho thấy cơ sở dữ liệu này có tính chất của những proteome vô cùng biến động (dynamic proteomes). Giải thích protein (annotated) cho thấy  tính chất vận động như vật thể mang các electron đạt giá trị cực đại tại “peak” của phổ protein, và những protein có chức năng quang hợp được điều tiết một cách tiêu cực (negatively modulated) trong toàn bộ thời gian khảo sát. Cơ sở dữ liệu này là nền tảng của nội dung tiếp cận “sinh học hệ thống” (systems biology) để người ta hiểu rõ hơn sự phát triển của quang tổng hợp cây đậu nành.

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

Xem chi tiết https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28953898

Hình 1. Các chức năng của protein iTRAQ của lá đậu nành.