Xiaoming Wang, David A. Kudrna^†, Yonglong Pan, Hao Wang, Lin Liu, Haiyan Lin, Jianwei Zhang, Xiang Song, Jose Luis Goicoechea, Rod A. Wing, Qifa Zhang and Meizhong Luo

 TÓM TẮT

Bản đồ vật lý trên cơ sở BAC (Bacterial artificial chromosome) với số lượng lớn các dòng BAC ở trạng thái BESs (BAC end sequences). Các dòng này được sáng tạo ra trên cơ sở Oryza sativa ssp. indica với giống lúa Minghui 63 (MH63), giống lúa Zhenshan 97 (ZS97). Chúng được so sánh trình tự với bộ gen của O. sativa spp. japonica với giống lúa Nipponbare, O. sativa ssp. indica với giống lúa 93-11. Những so sánh như vậy biểu thị sự đa dạng trên cơ sở mức độ biến dị có tính chất cấu trúc rộng và có tính chất bổ sung hẹp (small substitutions), và kể cả những phân tử indels. Những biến dị rộng có tính chất “Genome-wide BAC-sized” và có tính chất “contig-sized” được các tác giả tìm thấy. Họ đã phân tích các biến dị như vậy. Các vùng được mở rộng thêm trên trình tự bộ gen giống lúa tham khảo Nipponbare, được so sánh với trình tự trên bản đồ vật lý của giống lúa MH63 và ZS97, cũng như bản đồ vật lý của 93-11 đã được thực hiện trước đó. Số lượng các đoạn phân tử lập lại (repeats), và kết quả phân tích ontology của gen, khác biệt có ý nghĩa trên toàn bộ genome. Sử dụng bản đồ vật lý của 4 loài lúa hoang Oryza từ cơ sở dữ liệu OMAP (http://www.omap.org) làm đối chứng, các tác giả đã phát hiện được nhiều vùng bảo tồn và vùng đa dạng có liên quan đến quá trình tiến hóa của O. sativa. Giữa các BESs của giống MH63 và ZS97 và hai trình tự tham khảo, người ta tìm thấy 1532 các phân tử lập lại giản đơn, đa hình (SSRs), 71.383 SNPs, 1767 multiple nucleotide polymorphisms, 6340 phân tử insertions, và 9137 phân tử deletions. Nghiên cứu cho thấy toan bộ các genome có tính độc lập cao đối với vật chất dưới loài (subspecies) có tính chất intra và  inter. Cả bản đồ vật lý và GBrowse, chúng hợp nhất QTL và chỉ thị phân tử trong GRAMENE (http://www.gramene.org) với 4 bản đồ vật lý và được phân tích, ngần ấy mở ra một nguồn cơ sở dữ liệu đại chúng cho phép chúng ta lấy trên Web site (http://gresource.hzau.edu.cn/resource/resource.html).

Xem http://www.genetics.org/content/196/4/937.abstract?etoc

Genetics, Tháng Tư 2014, 196 no. 4: 937-949

Hình 4: Xác định sự đảo ngược từ các so sánh trình tự BES. (A) So sánh trình tự giữa BESs của MH63 contig37 và trình tự tham chiếu của giống Nipponbare. (B) So sánh trình tự giữa BESs của Nipponbare contig41 và vùng tương tự trên trình tự tham chiếu của Nipponbare. Thanh màu đỏ bên trên đại diện cho trình tự tham chiếu của giống Nipponbare, và đường màu xanh blue là so sánh trình tự của các BESs. Thanh màu xanh green là những clones khớp với dữ liệu gốc và màu hồng là những clones nghịch đảo. (C) Thí nghiệm minh chứng sự đảo ngược về di truyền. Trong panel bên trái, cặp primers được thiết kế cho BES OSIABa0011B13.r. của clone a0011B13 trong MH63 contig37. Trong panel bên phải, cặp primers được thiết kế từ BES OSIABa0041A04.r. của dòng a0041A04 trong MH63 contig37.

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.