Năm dòng mía kháng côn trùng biến đổi gen chứa các gen BtCry1Ac để sản xuất protein diệt côn trùng được so sánh với kiểm soát không chuyển gen bằng cách sử dụng ba loại kỹ thuật marker phân tử cụ thể là RAPD, ISSR và AFLP.

Những kỹ thuật này đã được áp dụng trên cây trồng chuyển gen và không chuyển gen để điều tra các biến thể di truyền  có thể xuất hiện trong nhân bản cây mía. Sự thay đổi này có thể chứng minh những thay đổi di truyền kết hợp với quá trình chuyển đổi, có thể thay đổi cơ sở phân tử quan trọng của hiện tượng sinh học khác nhau.

Biến thể di truyền được sàng lọc sử dụng 22 mồi RAPD khác nhau, 10 mồi ISSR và 13 mồi kết hợp AFLP. Phân tích RAPD và ISSR không đưa ra bằng chứng độc quyền cho các biến thể di truyền. Trong khi đó, tỷ lệ phần trăm của các dòng đa hình là 0,45% trong mỗi RAPD và ISSR, trong khi đa hình được tạo ra bằng cách phân tích AFLP này là 1,8%. Tỷ lệ tối đa của các ban đa hình là 1,4%, 1,1% và 5,5% trong RAPD, ISSR và AFLP, tương ứng.

Những kết quả này chứng minh rằng dòng biến đổi gen nhất cho thấy tính đồng nhất di truyền và xác nhận những thay đổi di truyềnnhỏ. Dendrograms tiết lộ mối quan hệ giữa cây chuyển gen và kiểm soát được phát triển từ các dữ liệu của 3 loại marker.