Nguồn: Che Omar S, Bentley MA, Morieri G, Preston GM, Gurr SJ. 2016. Validation of Reference Genes for Robust qRT-PCR Gene Expression Analysis in the Rice Blast Fungus Magnaporthe oryzae.

PLoS One. 2016 Aug 25; 11(8):e0160637.

TÓM TẮT

Bệnh đạo ôn lúa gây ra thất thoát rất lớn sản lượng thóc trên toàn thế giới. Nó còn cho người ta một mô phỏng có tính chất định hướng di truyền để nghiên cứu sự xâm nhiễm của nấm gây bệnh đạo ôn. Khi những vật thể được xác định mang tính chất phát sinh bệnh (pathogenicity determinants) chưa bộc lộ ra bên ngoài và chưa có sự thay đổi về biểu hiện gen qui mô toàn thế giới (do bản chất đồng tiến hóa của ký chủ và ký sinh); người ta biết rất ít về sự mô phỏng lại thành tế bào của nấm Magnaporthe oryzae. Các tác giả này rất tâm đắc với các gen có chức năng mô phỏng lại thành tế bào ấy (wall remodelling genes); chúng đã biểu hiện trong cả quá trình xâm nhiễm của nấm vào cây lúa, ở giai đoạn tăng trưởng với stress xảy ra bên ngoài thành tế bào, người ta cần phải chọn lọc các gen tham chiếu với số lượng vô cùng lớn (reference genes) trong cơ sở dữ liệu, thông qua kỹ thuật “quantitative Real Time-PCR: viết tắt là qRT-PCR) với dữ liệu mang tính chất tiêu chuẩn hóa. Họ đã mô tả sự ổn định trong biểu hiện gen của chín gen tham chiếu đóng vai trò gen ứng cử viên được “profiled” bằng kỹ thuật qRT-PCR với các phân tử cDNAs dẫn xuất từ sự phát triển ở trạng thái nấm vô tính, từ giai đoạn “perithecia” (dạng quả nấm) của nấm hữu tính và từ khuẩn ty (vegetative mycelium) mọc trên những stressors ngoại sinh rất nhiều kiểu khác nhau. Kết quả phân tích “Minimum Information for Publication of qRT-PCR Experiments” ( viết tắt là MIQE) cho thấy một loạt các gen tham chiếu với số lượng khổng lồ, được sử dụng để theo dõi dấu vết của những thay đổi sử thể hiện của gen “remodelling” thành tế bào; đó là gen MGG_Crh2 (MGG_00592). Họ sắp xếp thứ tự của chín gen tham chiếu có tính chất ứng cử viên ấy thông qua chỉ số ổn định thể hiện – chỉ số M (expression stability) và kết quả kết hợp gen tốt nhất, mà điều này vô cùng cần thiết để bình thường hóa sự thể hiện gen có tính chất đang tin cậy. Kết quả có từ xét nghiệm ba nhóm mô tế bào có tên quốc tế là Infective, Vegetative, và Globa; chúng thường được dùng trong nghiên cứu thể hiện gen của nấm M. oryzae. Họ còn tìm thấy MGG_Actin (MGG_03982 và 40S 27a ribosomal subunit MGG_40s (MGG_02872) minh chứng các gen tham chiếu trong nhóm mô "Infection group”. Họ tìm thấy MGG_40s và MGG_Ef1 (Elongation Factor1-α) minh chứng các gen tham chiếu trong nhóm mô “Vegetative group” và “Global group”. Sử dụng các gen tham chiếu được minh chứng vừa nói trên; sự thể hiện MGG_Crh2 của nấm M. oryzae được thấy có ý nghĩa ở xác suất p<0.05; cao gấp ba lần ở giai đoạn tăng trưởng so với các bào tử ở giai đoạn miên trạng (dormant) và cao gấp hai lần trong điều kiện thành tế bào bị stress (Congo Red) so với tăng trưởng trong điều kiện tối ưu. Người ta khuyến cáo sử dụng kết hợp hai gen tham chiếu, tùy theo k1ci cở tế bào (cytoskeleton) và tùy theo nh1om có chức năng tổng hợp thể ri bô, đó là MGG_Actin, MGG_40s, MGG_S8 (Ribosomal subunit 40S S8) hoặc MGG_Ef1, mà những gen ấy được minh chứng có các “M values” khá thấp trong những mô có tính chất dị hợp. Trái lại, các gen có trong chu trình biến dưỡng như MGG_Fad (FAD binding domain-containing protein) và MGG_Gapdh (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) đã hoạt động kém, do thiếu tính chất ổn định khi biểu hiện.

Xem http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27560664

GS Bùi Chí Bửu lược dịch

Hình 2. Xác định số các gen tham chiếu tối ưu (reference genes) đối với kết quả bình thường hóa một cách chính xác. Biểu đồ cho thấy sự biến thiên của giá trị “pairwise”, V_n/(n+1), giữa yếu tố “normalisation” NF_n và NF_n+1 của chín gen tham chiếu ứng cử viên. Số lượng tối ưu của gen tham chiếu để có kết quả “normalisation” một cách chính xác được lấy từ con số bé nhấtđối với V – con số này thấp hơn giá trị “cut-off” là 0,15. Phân tích được lập lại trong ba nhóm mô tế bào chuẩn đó là: A) Infective; B) Vegetative, và; C) Global.