Vi rút lùn sọc đen phương Nam (LSĐPN) có tên khoa học là Southern rice black-streaked dwarf virus (SRBSDV), là một vi rút lan truyền trong tự nhiên nhờ rầy lưng trắng và rầy nâu nhỏ, được phát hiện lần đầu tiên vào năm 2008 tại các vùng trồng lúa thuộc tỉnh Quảng Đông và đảo Hải Nam, phía Nam Trung Quốc.

Vi rút lúa lùn sọc đen phương Nam lần đầu tiên phát dịch ở Việt Nam, tại các vùng trồng lúa từ miền Trung trở ra vào năm 2009. Để nghiên cứu tính đa dạng di truyền và phát triển quy trình chẩn đoán, 12 phân đoạn S7 của vi rút lúa lùn sọc đen phương Nam đã được phân lập và giải trình tự từ những mẫu lúa có triệu chứng nhiễm bệnh thu thập đưọc tại những vùng sinh thái trồng lúa khác nhau ở miền Bắc và miền Trung Việt Nam. So sánh trình tự của 12 phân đoạn này và 8 phân đoạn S7 của Trung Quốc đã đưọc công bố cho thấy, các chủng SRBSDV của Việt Nam có trinh tự nucleotit phân đoạn S7 tương đồng rất cao so với nhau và so với các chủng của Trung Quốc.

Mức độ tương đồng nucleotit lên tới 99-100%. Cây phả hệ được xây dựng từ các trình tự đầy đủ và trình tự mã hóa protein P7-1 phân đoạn S7 của Việt Nam và Trung Quốc nhằm phân tích đa dạng di truyền và mối quan hệ giữa các chủng SRBSDV của Việt Nam và Trung Quốc. Kết quả phân tích cây phả hệ cho thấy các phân đoạn S7 của các chủng vi rút phân thành ba nhóm riêng biệt, song giữa các chủng của Việt Nam và Trung Quốc vẫn xuất hiện xen kẽ nhau trên cây phả hệ. Đây là minh chứng cho thấy các chủng vi rút này (cả của Việt Nam và Trung Quốc) đều thuộc một quần thể vi rút duy nhất trong cùng một khu vục địa lý.

Kết quả từ việc nghiên cứu đã phân lập, dòng hóa và giải trình tự toàn bộ phân đoạn S7 của 12 mẫu vi rút LSĐPN thu tại miền Bắc và miền Trung Việt Nam. So sánh trình tự và phân tích phả hệ cho thấy phân đoạn S7 của các mẫu vi rút Việt Nam có mức độ đồng nhất trình tự nucleotit 99-100% so với nhau và với mẫu vi rút của Trung Quốc. Dựa trên phân đoạn S7, mặc dù các mẫu vi rút Việt Nam và Trung Quốc phân thành ít nhất 3 nhóm phân biệt, song sự xuất hiện xen kẽ của các mẫu giữa Việt Nam và Trung Quốc cho thấy chúng là một quần thể vi rút duy nhất trong cùng một khu vực địa lý.

ntbtra - Canthostnews, theo Tạp chí NN & PTNT.