Yongqing Jiao, Tri D.Vuong, Yan Liu, Clinton Meinhardt, Yang Liu, Trupti Joshi, Perry Cregan, Dong Xu, J. Grover Shannon, Henry T. Nguyen

Nguồn: Tạp chíTheor. Appl. Genetics Publish on line 15 October 2014

 Nhóm tác giả đã hoàn thiện phân tích QTL đối với tính trạng kháng tuyến trùng sưng rễ đậu nành (SCN) của giống PI 437655 trong hai quần thể lập bản đồ, định tính CNV của Rhg1 thông qua giải trình tự lại toàn bộ genome (whole-genome resequencing) và đánh giá ảnh hưởng của việc chồng các QTL (pyramiding) đối với việc tăng cường tính kháng. Tuyền trùng gây sưng rễ đậu nành (SCN: soybean cust nematode, Heterodera glycines Ichinohe) là một trong những dịch hại quan trọng của nhiều vùng đậu nành trên thế giới. Giống PI 437655 có phổ kháng rộng đối với các loại hình SCN HG hơn giống PI 88788. Mục tiêu nghiên cứu nhằm xác định QTL điều khiển tính kháng SCN của giống đậu nành PI 437655, và đánh giá QTL trong sự đóng góp vào tính kháng SCN ấy. Hai quần thể lập bản đồ F6:7 RILs, dẫn xuất từ tổ hợp lai Williams 82 × PI 437655 và  Hutcheson × PI 437655, được đanh giá tính kháng đối với loại hình sinh học SCN HG types 1.2.5.7 (PA2), 0 (PA3), 1.3.5.6.7 (PA14), và 1.2.3.4.5.6.7 (LY2). Array có 1.536 SNP được người ta sử dụng để đánh giá kiểu gen của hai quần thể lập bản đồ này và xây dựng nên bản đồ liên kết di truyền (genetic linkage maps). Hai QTL có ý nghĩa được tìm thấy trên nhiễm sắc thể 18 và 20 trong 2 quần thể. Một QTL trên nhiễm sắc thể (NST) 18, mà NST có locus Rhg1, góp phần vào tính kháng tuyến trùng loại hình SCN HG types 1.2.5.7, 0, 1.3.5.6.7, và 1.2.3.4.5.6.7 (PA2, PA3, PA14, và LY2, theo thứ tự). Phân tích biến thiên của số lần sao chép (CNV: Copy number variation) bởi kỹ thuật resequencing toàn bộ genome cho thấy rằng PI 437655 và PI 88788 có CNV giống nhau tại locus Rhg1. Chíng QTL trên NST 20 đóng góp phần lớn tính kháng các loại hình SCN HG 1.3.5.6.7 (PA14) và 1.2.3.4.5.6.7 (LY2). Đánh giá cả hai QTL cho thấy việc chồng gen Rhg1và QTL này trên NHS 20 đã cải tiến được một cách có ý nghĩa tính kháng đối với các loại hình SCN HG 1.3.5.6.7 (PA14) và 1.2.3.4.5.6.7 (LY2) trong cả hai quần thể nói trên. Đây là thông tin rất có ích để phát triển giống đậu nành PI 437655 như một nguồn giống cho (donor) tính kháng SCN của lai tạo giống đậu nành nhờ chỉ thị phân tử.

http://download.springer.com/static/pdf/361/art%253A10.1007%252Fs00122-014-2409-5.pdf?auth66=1413671982_52982897227ac82f277e1c7550d62d25&ext=.pdf

Hình. 2  Biến thiên số lần sao chép của locus Rhg1 được phát hiện bởi CNV-seq software trong giống đậu nành PI 437655, PI 88788, và giống Hutcheson bằng cách sử dụng  phương pháp resequencing toàn bộ genome. Trục Y axis biểu trưng cho các tỷ số log₂; trục X biểu trưng cho vị trí của genomesuốt nhiễm sắc thể 18 của genome tham chiếu trên giống  Williams 82. Quãng giữa hai hàng màu đen chỉ vùng có Rhg1. Màu đỏ là gradient biểu trưng cho giá trị P được tính theo mỗi tỷ số (với màu đính kèm trên hình).