Nguồn: Lei N, Yu X, Li S, Zeng C, Zou L, Liao W, Peng M. 2017. Phylogeny and expression pattern analysis of TCP transcription factors in cassava seedlings exposed to cold and/or drought stress. Sci Rep. 2017 Aug 30;7(1):10016.

TÓM TẮT

Yếu tố phiên mã TCP thường đóng vai trò như những phân tử “integrators” (hợp nhất) sự điều tiết tăng trưởng đa dạng và sự kích hoạt phản ứng đối với môi trường ngoại cảnh. Tuy nhiên, người ta rất ít hiểu biết về họ gen này trong các giống sắn nhiệt đới (Manihot esculenta). Theo nghiên cứu này, 36 gen thuộc họ TCP đã được phân lập và được đặt tên lại, trên cơ sở trình tự của toàn bộ hệ gen cây sắn và trên cơ sở sự tương đồng của chuỗi trình tự với họ gen TPC của Arabidopsis. Những domains điển hình của protein TPC được người ta phát hiện thông qua kết quả phân tích so sánh đa trình tự (multiple sequence alignment). Phân tích sự tiến hóa chỉ ra rằng MeTCPs có thể được phân ra thành 8 nhóm phụ (subgroups), mà các nhóm phụ ấy được xem xét theo kiến trúc của gen và những motif có tính bảo thủ cao. Kết quả phân tích qRT-PCR khẳng định các thành phần biểu hiện qua tính chất chuyên biệt của mô và thể hiện hormone có liên quan của gen MeTCP. Hơn nữa, phân tích promoter và sự thể hiện chung cho thấy các gen MeTCPs có các thành phần thể hiện tương đồng cũng như khác biệt khi cho xử lý ở nghiệm thức nhiệt độ lạnh và/hoặc khô hạn. Điều này minh chứng rằng chúng có thể tham gia vào các chu trình truyền tín hiệu khác nhau. Nghiên cứu còn cung cấp một phân tích đầu tiên khá toàn diện về họ gen TCP trong bộ genome cây sắn. Các dữ liệu ấy sẽ vô cùng hữu ích cho việc hồi phục lại những chức năng tự nhiên của các gen MeTCP. Vai trò đầy tiềm năng của chúng được khai thác trong phản ứng của hormone và phản ứng với stress phi sinh học trong cây sắn.

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

Xem https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28855620

Hình 1: Tương quan di truyền huyết thống của những protein đóng vai trò yếu tố phiên mã TCP của hệ gen cây sắn, cây Arabidopsis và cây lúa rice. Có tất cả 36 MeTCPs của cây sắn, 24 AtTCPs của cây Arabidopsis và 22 OsTCPs của cây lúa đã được sử dụng để tạo nên giản đồ quan hệ di truyền “Neighbor-Joining tree” thông qua phần mềm MEGA 6.0 với 1000 bootstrap trên cơ sở các chuỗi trình tự đầy đủ của gen TCPs . Có 8 nhóm phụ (subgroups) với những màu sắc hiển thị khác nhau.