Việc ước lượng giá trị giống chỉ dựa trên kiểu gene cũng có một số bất cập. Cá thể có đầy đủ những kiểu gen tốt liên quan đến tính trạng quan tâm, nhưng chưa chắc hoàn toàn có kiểu hìnhnhư mong đợi. Bởi vì, kiểu hình là sự tương tác giữa kiểu gene và môi trường. Vì vậy, sự kết hợp giữa đánh giá kiểu gene và kiểu hình trong ước lượng giá trị giống là cần thiết. Đã có những sự kết hợp giữa các phương pháp đánh giá kiểu gene (MAS, GAS, GS) với đánh giá kiểu hình (BLUP) để hình thành các phương pháp MA-BLUP, GA-BLUP hay G-BLUP. Trong đó, hiện nay G-BLUP là phương pháp tốt nhất để ước lượng giá trị giống và được gọi là Ước lượng giá trị giống (dựa trên) bộ gen, GEBV (Genome/Genomic Estimated Breeding Value) (xem sơ đồ đính kèm).

GEBV có thể xác định sớm trên một con gia súc khi nó còn rất trẻ nên sẽ giúp tăng tỷ lệ (sử dụng) trong tương lai gần. Phương pháp này được thực hiện trên các tính trạng sản xuất, tính trạng sinh sản và một số tính trạng kiểu hình khác. Một GEBV sẽ có hệ số tin cậy giữa 2 phương pháp tính trung bình của cha mẹ và phương pháp kiểm tra qua đời sau. Độ tin cậy tương đối của phương pháp tính trung bình cha mẹ là 25-40%, tùy thuộc vào loại tính trạng và số lượng thông tin thu thập được từ (thế hệ) cha mẹ. Ở Canada, một con đực được kiểm chứng (qua phương pháp kiểm tra qua đời sau) sẽ có độ tin cậy vào khoảng 80-85%, nhưng nếu số lượng con cái (của thế hệ sau) được sử dụng nhiều, độ tin cậy của phương pháp progeny test có thể lên đến 95%.

Phương pháp GEBV là sự kết hợp giữa thông tin di truyền của từng cá thể với trung bình của cha mẹ và thông tin kiểm tra qua đời sau (nếu sẵn có). Vì vậy, khi thêm thông tin di truyền vào (giá trị) trung bình của cha mẹ, phương pháp ước lượng giá trị giống qua bộ gen (GEBV) sẽ có độ tin cậy dao động từ 63-75%. Trong vài trường hợp độ tin cậy của phương pháp này có tăng hoặc giảm khi áp dụng rộng rãi.

Tổng hợp: TS. Chung Anh Dũng.