Hiện nay, ở Việt Nam việc ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn đã được tiến hành và bước đầu đạt được những kết quả rất khả quan. Thông qua chọn tạo giống sử dụng chỉ thị phân tử các nhà khoa học đã chọn được những dòng lúa mang gen kháng đạo ôn làm vật liệu ban đầu cho công tác chọn tạo giống lúa kháng bệnh. Để góp phần vào việc quản lý bệnh đạo ôn thông qua chọn tạo giống kháng.
Năm 2006 dịch rầy nâu, bệnh vàng lùn và lúa lùn xoắn lá đã phát sinh, gây thiệt hại nghiêm trọng trên diện rộng ở 22 tỉnh và thành phố thuộc Đồng bằng sông Cửu Long, Đông Nam Bộ, Nam Trung Bộ và Tây Nguyên. Trước tình hình đó, Bộ Nông nghiệp và PTNT đã giao cho Viện Bảo vệ thực vật thực hiện.
Rầy nâu luôn là đối tượng chính yếu trong nghiên cứu cũng như ngoài thực tiễn sản xuất lúa tại Đồng bằng sông Cửu Long. Như đã biết, tính kháng rầy nâu bị ảnh hưởng ngoài cơ sở di truyền còn có cơ sở sinh thái học (Gatehouse JA, 2002; Gallagher KD, 2002; Heinrich EA, 2000; Heong KL, 1999; Lawrence PK, 2002; Settle WH, 1996).
Cây lúa nước hiện nay (Oryza sativa L.) có nguồn gốc từ Châu Á và có quan hệ rất gần với loài Oryza rufipogon, một loài lúa hoang rất phổ biến và dễ dàng tìm thấy trong ruộng lúa hoặc dọc theo bờ sông, kênh, mương tại Việt Nam và một số nước Châu Á. Do vậy, nếu những giống lúa chuyển gen Bt được trồng phổ biến tại những vùng này thì khả năng ảnh hưởng của việc thất thoát gen Bt vào trong quần thể lúa hoang là rất lớn. Hậu quả là có thể ảnh hưởng xấu đến những loài côn trùng thuộc bộ cánh vảy và mạng lưới thức ăn của chúng.
Trong thời gian qua, chương trình lai tạo và chọn lọc các giống lúa năng suất cao đã đạt được những thành quả đáng kể. Các giống lúa này luôn được trồng ở dạng thuần, do đó dễ gieo trồng, dễ thu hoạch và năng suất cao. Tuy nhiên, các giống thuần được trồng liên tục trên diện rộng tạo cơ hội tốt cho vi sinh vật gây bệnh tiến hóa, tính kháng bị phá vỡ, dẫn đến năng suất không ổn định, thuốc BVTV được sử dụng nhiều hơn ảnh hưởng đến môi trường, vật nuôi và sức khỏe con người.
Tiến bộ mới trong công nghệ thông tin, truyền thông (ICT) và điện thoại di động cung cấp cho nông dân sản xuất nhỏ nhiều thông tin và sản phẩm dịch vụ sản xuất nông nghiệp. Viện lúa Quốc tế (IRRI) đã sử dụng cơ hội này để phát triển các ứng dụng (Apps) trên máy tính cá nhân và điện thoại di động. Phần mềm Quản lý dinh dưỡng cho cây lúa, chuyển từ hướng dẫn bón phân theo vùng chuyên biệt (SSNM) sang hướng dẫn bón phân theo nhu cầu của từng nông hộ.
Sản xuất lúa Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) trong những năm qua đã có sự thay đổi diện tích, trong giai đoạn 2000-2010, diện tích lúa ĐBSCL thu hẹp 6.000 ha. Riêng trong giai đoạn 2000-2005 diện tích lúa giảm 119.500 ha, sau đó phục hồi lại trong giai đoạn 2005-2010 tăng 113.500 ha. Sự tăng giảm diện tích theo các giai đoạn chủ yếu do: (i) giá cả lúa bấp bênh diện tích tăng, giảm cục bộ trong từng vụ; (ii) sự không ổn định diện tích lúa thu đông và (iii) sự tăng giảm diện tích của vụ lúa mùa (trong đó có vụ lúa trên nền đất nuôi tôm sú).
Hiện nay, việc áp dụng quy trình kỹ thuật “Thâm canh tổng hợp” trong sản xuất lúa cao sản rất phổ biến, đặc biệt áp dụng tiến bộ kỹ thuật “3 Giảm – 3 Tăng” như là một giải pháp chính trong chỉ đạo sản xuất lúa ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL).