Bệnh đốm lá là một loại bệnh hại ảnh hưởng nghiêm trọng đến mùa màng do nấm gây ra. Nấm Pilidium là một trong những tác nhân gây bệnh nguy hiểm cho thực vật với phổ vật chủ rộng. Chúng có thể tác động trên lá, quả và rễ cây. Việc quản lý các bệnh thực vật và kiểm soát dịch bệnh chưa chặt chẽ dẫn đến việc lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật gây ảnh hưởng đến hệ sinh thái và sức khỏe con người. Do đó, việc xác định được tác nhân gây bệnh và tìm kiếm các chủng đối kháng hướng đến kiểm soát sinh học là xu thế hiện nay trong xây dựng nền nông nghiệp xanh.

Ngập úng thường gây ra tình trạng thiếu oxy (hypoxia) ở thực vật, gây tổn thương rễ và ảnh hưởng đáng kể đến sự tăng trưởng, tỷ lệ sống và năng suất của cây đậu tương. Việc xác định các locus tính trạng số lượng (QTLs) và hiểu được sự di truyền của khả năng chịu ngập sẽ giúp phát triển các giống đậu tương có khả năng chịu ngập.

Việc tăng tỷ lệ di truyền cho các đặc điểm nông học quan trọng thông qua chọn lọc bộ gen đòi hỏi phải phát triển các phương pháp phân tử mới để chạy các đơn nucleotide đa hình trên toàn bộ bộ gen (SNPs). Hạn chế chính của các phương pháp hiện tại là chi phí quá cao để sàng lọc các quần thể chọn giống. Các đầu dò đảo ngược phân tử (MIP) là một phương pháp xác định kiểu gen theo trình tự (GBS) được nhắm mục tiêu có thể được sử dụng cho cây đậu tương [Glycine max (L.) Merr.] vừa tiết kiệm chi phí, thông lượng cao và cung cấp chất lượng dữ liệu cao sàng lọc tế bào mầm của nhà chọn giống để chọn lọc bộ gen.