Tuần tin khoa học 436 (22-28/06/2015)
Thứ hai, 22-06-2015 | 08:10:46
|
Gen OsGRAS23 của cây lúa phản ứng với stress do khô hạn
Các yếu tố phiên mã GRAS là những protein có vai trò vô cùng đa dạng trong sự phát triển của cây. Tuy nhiên, những chức năng của các gen mã hóa GRAS được xác định trong cây lúa vẫn chưa được biết rõ, đặc biệt là những gen có liên quan đến tính chống chịu khô hạn của cây lúa. Lijun Luo thuộc ĐH Nông Nghiệp Huazhong, Trung Quốc đã phân lập được một gen mới thể hiện yếu tố phiên mã GRAS trong cây lúa, OsGRAS23. Sự biểu hiện của OsGRAS23 được kích hoạt khi có stress khô hạn, mặn, và khi xử lý jasmonic acid. Sự thể hiện của OsGRAS23 trong cây lúa chứng tỏ được tính chống chịu hạn được cải tiến và tính chống chịu stress có tính chất “oxidative” cũng như chúng tỏ sự tích tụ ít hơn “hydrogen peroxide” so với những cây nguyên thủy. Phân tích sâu hơn cho thấy có nhiều gen liên quan đến “anti-oxidation” cũng điều tiết theo kiểu UP trong cây lúa có chứa OsGRAS23. Kết quả này chứng minh được rằng OsGRAS23 mã hóa protein đóng vai trò yếu tố phiên mã phản ứng lại với stress do khô hạn của cây lúa thông quan hàng loạt các gen đáp ứng lại stress.
Xem BMC Plant Biology.
Hình. Xác định gen OsGRAS23 biểu hiện trong dòng lúa transgenic. [A] LB: vai trái; HPT: hygromycin phospho transferase; PCaMV35S, cauliflower mosaic virus 35S promoter; TNOS, nopaline synthase gene terminator; và RB: vai phải. [B] các mức độ thể hiện của OsGRAS23 trong cây lúa transgenic. WT: wild type, OE1-OE58: transgenic lines. Mức độ thể hiện gen đ0ược phân tích bằng quantitative real-time PCR. Số liệu trung bình ± SE (n = 3). [C] Kiểu hình cây lúa transgenic và cây lúa WT được trồng trong “PVC pipes”
Sl3-MMP của cà chua điều tiết phản ứng tự vệ của cây đối với sự tấn công của pathogen
Matrix metalloproteinases (MMPs) đã được người ta định tính trong động vật có vú và tìm thấy chúng có vai trò quan trọng trong tiến trình sinh lý học và bệnh lý học. Mặc dù MMPs trong nhiều loài cây trồng cũng đã được xác định, nhưng chức năng của MMPs trong những phản ứng đối với stress sinh học vẫn còn là điều bí ẩn. Fengming Song thuộc ĐH Zhejiang, Trung Quốc đã phân lập được 5 gen MMP trong bộ genome cây cà chua. Sự thể hiện của n những gen MMP ấy đã được kích thích bởi sự xâm nhiễm của nấm Botrytis cinerea và vi khuẩn Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 (Pst DC3000) cũng như khi lý cây bằng những hormone có liên quan đến tự vệ của cây. Trong 5 gen MMPs, sự im lặng của Sl3-MMP làm giảm tính kháng đối với B. cinerea và Pst DC3000, trong khi đó sự im lặng của 4 gen còn lại không ảnh hưởng đến tính kháng. Sự thể hiện của gen Sl3-MMP trong lá cây thuốc lá Nicotiana benthamiana tăng cường tính kháng với B. cinerea và điều tiết theo kiểu UP các gen có chức năng tự vệ. Kết quả này đã chứng minh được rằng Sl3-MMP là một regulator năng động trong phản ứng tự vệ chống lại sự xâm nhiễm của B. cinerea và Pst DC3000.
Xem BMC Plant Biology.
Hình. So sánh chuỗi trình tự và phân tích cây gia hệ của Sl-MMP với protein khác của cây MMP. (a) Những domains dự đoán của Sl-MMP proteins. TM, transmembrane domain. (b) So sánh trình tự Sl-MMPs. Các số bên tay phải là vị trí của amino acid thuộc Sl-MMP proteins. Trình tự của Cysteine switch motif, zinc-binding và DLESV trong hộp màu đỏ. Đặc điểm cấu trúc bậc hai ví dụ như β-strand, β-sheet và α-helix được xác định ở trên. Vị tri hoạt động histidine và gốc glutamate có tính chất kích hoạt được biểu thị màu đỏ. Những ligands của zinc cấu trúc và calcium có tính chất bảo thủ được thể hiện bằng màu xanh lá cây và màu vàng, theo thứ tự. Gốc base có tính chất không ưa nước (hydrophobic) tạo nên methionine của Met-turn được biểu thị bằng màu xanh dương. (c) Phân ích cây gia hệ của những Sl-MMPs với MMPs của cây khác.
Công cụ đọc trình tự đối với genome nhỏ được sử dụng trong hoàn thiện bộ genome của vi khuẩn E. coli
Một nhóm các nhà nghiên cứu của Canada và Anh Quốc, đứng đầu là Dr. Jared Simpson đã thức hiện một nghiên cứu nhằm xác định khả năng của Oxford Nanopore's MinIONTM – một máy đọc trình tự (sequencer). Công cụ đọc trình tự trên cơ sở công nghệ nano phục vụ tốt trong trường hợp giải trình tự bộ genome nhỏ, có khả năng tạo ra số lượng dữ liệu khổng lồ và đọc theo những stretches rất dài của genome, để thực hiện thao tác “reconstruction” (tái cấu trúc). Tuy nhiên, máy đọc trình tự này có những lần đọc chưa chính xác (single reads). Để khắc phục sự kiện ấy, các nhà nghiên cứu đã chia ra ba giai đoạn trong công cụ này. Đầu tiên, phát hiện được các “overlaps” giữa những “reads”, rồi sau đó điều chỉnh lại cho đúng bằng kỹ thuật “multiple-alignment” process. Giai đoạn hai, các “reads” được chỉnh đúng sẽ cho vào thành từng nhóm (clustered) bằng công cụ “Celera assembler”. Giai đoạn ba, tổng hợp lại một cách chính xác bằng phần mềm “probabilistic model” trên cơ sở các tín hiệu (electric signals) bởi sự di động phân tử DNA trong nanopore. Theo phương pháp như vậy, các nhà nghiên cứu đã có thể đọc trình tự và tổng hợp các trình tự (assemble) trong một bộ genome đầy đủ của vi khuẩn Escherichia coli. (Hình: So sánh trong kỹ thuật “dot plot” so sánh “assembly” với genome tham chiếu).
Xem Ontario Institute for Cancer Research's website.
Thông báo
Breeding Science Symposium, HÀN QUỐC
Hội nghị khoa học chọn giống của “Korean Society of Breeding Science” năm 2015 được tổ chức tại Bexco, Busan, Hàn Quốc, vào ngày 1-3 tháng Bảy, 2015
Xem The Korean Society of Breeding Science
Hội thảo đánh giá tính an toán của sản phẩm biến đổi gen RNAi
“RNAi Product Safety Assessment Workshop” được tổ chức bởi CropLife Korea, National Center for GM Crops, tại Korea Chamber of Commerce & Industry, Seoul, South Korea; vào ngày 18-6- 2015
Xem Korea Biotechnology Information Center
|
Trở lại In Số lần xem: 851 |
[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
|