Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Thiết lập chuỗi giá trị nông sản thông minh và an toàn tại Việt Nam Cà chua bi

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  17
 Số lượt truy cập :  33272232
Phân tích toàn bộ genome của những yếu tố phiên mã (tf) con mọt đục quả cà phê Hypothenemus hampei (Coleoptera: Curculionidae): mô tả những họ protein mới
Thứ tư, 24-05-2017 | 08:25:50

Nguồn: Eric M. Hernandez-Hernandez,  Rita Daniela Fernández-Medina,  Lucio Navarro - Escalante,  Jonathan Nuñez,  Pablo Benavides-Machado, Claudia M. A. Carareto. 2017. Genome-wide analysis of transposable elements in the coffee berry borer Hypothenemus hampei (Coleoptera: Curculionidae): description of novel families. MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS; June 2017, Volume 292, Issue 3, pp 565–583

TÓM TẮT

Mọt đục quả cà phê (tên tiếng Anh là: coffee berry borer (CBB); tên khoa học là Hypothenemus hampei) là đối tượng gây hại nghiệm trọng sản xuất cà phê của thế giới. Bộ genome của mọt CBB đã được giải trình tự gần đây; tuy nhiên, thông tin có liên quan đến  sự hiện diện và đặc điểm của những protein TE (yếu tố phiên mã) chưa được cung cấp. Áp dụng chiến lược nghiên cứu theo hệ thống trên cơ sở cả hai nội dung tiếp cận kiểu de novotiếp cận kiểu “homology” (tính đồng dạng), các tác giả trong đề tài này đã trình bày một thư viện các phân tử TEs từ bản thảo bộ genome  con mọt CBB, nó đã được giải trình tự bởi tổ chức “Coffee Growers Federation” ở Colombia. Thư viện này bao gồm có 880 chuỗi trình tự được sắp xếp như sau: các yếu tố phiên mã với 66% Class I (LTRs: 46%, non-LTRs: 20%) và 34% Class II (DNA transposons: 8%, Helitrons: 16% và MITEs: 10%), bao gồm những họ protein có ba LTR chủ lực (Gypsy, Bel-PaoCopia), họ protein không có LTR (CR1, Daphne, I/Nimb, Jockey, Kiri, R1, R2R4) clades và các họ protein có thuật ngữ khoa học là DNA superfamilies (Tc1-mariner, hAT, Merlin, P, PIF-Harbinger, PiggyBacHelitron). Người ta đề nghị thêm họ protein mới, đó là: Hypo, thuộc LTR Gypsy superfamily; Hamp, thuộc về non-LTRs; và rosa, thuộc về Class II hoặc DNA transposons.Cho dù họ rosa clade đã được mô tả trước đó, nhưng nó vẫn được xem xét như một họ phụ rất căn bản (basal subfamily) của họ chính mariner. Trên cơ sở phân tích di truyền huyết thống, người ta gộp lại Tc1, mariner, pogo, rosaLsra elements từ những loài côn trùng khác, sau đó, họ đề nghị rosaLsra elements là những subfamilies của một họ mang tính chất độc lập thuộc Class II elements mà thuật ngữ khoa học thường được gọi là rosa. Phần mềm giúp người ta giải thích trên chuỗi trình tự này cho thấy có tỷ lệ rất thấp (%) của genome CBB được tổng hợp (khoảng 8,2%) có yếu tố phiên mã TEs. Cho dù những phân tử TE ấy biểu hiện sự đa dạng rất cao, nhưng hầu hết chuỗi trình tự đều có xu hướng thoái hóa, với rất ít các bản sao chép có chiều dài đầy đủ của LTR và DNA transposons; và với nhiều bản sao chép hết sức đầy đủ, tích cực của phân tử non-LTR elements. MITEs đóng góp vào khoảng 50% của tổng số phân tử TEs, với tỷ lệ cao trong phối hợp của các DNA transposons trong Tc1-mariner superfamily. Xem http://link.springer.com/article/10.1007/s00438-017-1291-7/fulltext.html?wt_mc=alerts.TOCjournals

 

 GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

Trở lại      In      Số lần xem: 932

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bản đồ di truyền và chỉ thị phân tử trong trường hợp gen kháng phổ rộng bệnh đạo ôn của cây lúa, GEN Pi65(t), thông qua kỹ thuật NGS
  • Bản đồ QTL chống chịu mặn của cây lúa thông qua phân tích quần thể phân ly trồng dồn của các dòng con lai tái tổ hợp bằng 50k SNP CHIP
  • Tuần tin khoa học 479 (16-22/05/2016)
  • Áp dụng huỳnh quang để nghiên cứu diễn biến sự chết tế bào cây lúa khi nó bị nhiễm nấm gây bệnh đạo ôn Magnaporthe oryzae
  • Vai trò của phân hữu cơ chế biến trong việc nâng cao năng năng suất và hiệu quả kinh tế cho một số cây ngắn ngày trên đất xám đông Nam Bộ
  • Tuần tin khoa học 475 (18-24/04/2016)
  • Vi nhân giống cây măng tây (Asparagus officinalis L.)
  • Thiết lập cách cải thiện sản lượng sắn
  • Nghiên cứu xây dựng hệ thống dự báo, cảnh báo hạn hán cho Việt Nam với thời hạn đến 3 tháng
  • Liệu thủ phạm chính gây nóng lên toàn cầu có giúp ích được cho cây trồng?
  • Tuần tin khoa học 478 (09-15/05/2016)
  • Sinh vật đơn bào có khả năng học hỏi
  • Côn trùng có thể tìm ra cây nhiễm virus
  • Bản đồ QTL liên quan đến tính trạng nông học thông qua quần thể magic từ các dòng lúa indica được tuyển chọn
  • Nghiên cứu khẳng định số loài sinh vật trên trái đất nhiều hơn số sao trong giải ngân hà chúng ta
  • Cơ chế di truyền và hóa sinh về tính kháng rầy nâu của cây lúa
  • Vật liệu bọc thực phẩm ăn được, bảo quản trái cây tươi hơn 7 ngày mà không cần tủ lạnh
  • Giống đậu nành chống chịu mặn có GEN gmst1 làm giảm sự sinh ra ROS, tăng cường độ nhạy với ABA, và chống chịu STRESS phi sinh học của cây Arabidopsis thaliana
  • Khám phá hệ giác quan cảm nhận độ ẩm không khí ở côn trùng
  • Phương pháp bền vững để phát triển cây lương thực nhờ các hạt nano
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD