Phân tích toàn bộ genome của những yếu tố phiên mã (tf) con mọt đục quả cà phê Hypothenemus hampei (Coleoptera: Curculionidae): mô tả những họ protein mới
Thứ tư, 24-05-2017 | 08:25:50
|
Nguồn: Eric M. Hernandez-Hernandez, Rita Daniela Fernández-Medina, Lucio Navarro - Escalante, Jonathan Nuñez, Pablo Benavides-Machado, Claudia M. A. Carareto. 2017. Genome-wide analysis of transposable elements in the coffee berry borer Hypothenemus hampei (Coleoptera: Curculionidae): description of novel families. MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS; June 2017, Volume 292, Issue 3, pp 565–583 TÓM TẮTMọt đục quả cà phê (tên tiếng Anh là: coffee berry borer (CBB); tên khoa học là Hypothenemus hampei) là đối tượng gây hại nghiệm trọng sản xuất cà phê của thế giới. Bộ genome của mọt CBB đã được giải trình tự gần đây; tuy nhiên, thông tin có liên quan đến sự hiện diện và đặc điểm của những protein TE (yếu tố phiên mã) chưa được cung cấp. Áp dụng chiến lược nghiên cứu theo hệ thống trên cơ sở cả hai nội dung tiếp cận kiểu de novo và tiếp cận kiểu “homology” (tính đồng dạng), các tác giả trong đề tài này đã trình bày một thư viện các phân tử TEs từ bản thảo bộ genome con mọt CBB, nó đã được giải trình tự bởi tổ chức “Coffee Growers Federation” ở Colombia. Thư viện này bao gồm có 880 chuỗi trình tự được sắp xếp như sau: các yếu tố phiên mã với 66% Class I (LTRs: 46%, non-LTRs: 20%) và 34% Class II (DNA transposons: 8%, Helitrons: 16% và MITEs: 10%), bao gồm những họ protein có ba LTR chủ lực (Gypsy, Bel-Pao và Copia), họ protein không có LTR (CR1, Daphne, I/Nimb, Jockey, Kiri, R1, R2 và R4) clades và các họ protein có thuật ngữ khoa học là DNA superfamilies (Tc1-mariner, hAT, Merlin, P, PIF-Harbinger, PiggyBac và Helitron). Người ta đề nghị thêm họ protein mới, đó là: Hypo, thuộc LTR Gypsy superfamily; Hamp, thuộc về non-LTRs; và rosa, thuộc về Class II hoặc DNA transposons.Cho dù họ rosa clade đã được mô tả trước đó, nhưng nó vẫn được xem xét như một họ phụ rất căn bản (basal subfamily) của họ chính mariner. Trên cơ sở phân tích di truyền huyết thống, người ta gộp lại Tc1, mariner, pogo, rosa và Lsra elements từ những loài côn trùng khác, sau đó, họ đề nghị rosa và Lsra elements là những subfamilies của một họ mang tính chất độc lập thuộc Class II elements mà thuật ngữ khoa học thường được gọi là rosa. Phần mềm giúp người ta giải thích trên chuỗi trình tự này cho thấy có tỷ lệ rất thấp (%) của genome CBB được tổng hợp (khoảng 8,2%) có yếu tố phiên mã TEs. Cho dù những phân tử TE ấy biểu hiện sự đa dạng rất cao, nhưng hầu hết chuỗi trình tự đều có xu hướng thoái hóa, với rất ít các bản sao chép có chiều dài đầy đủ của LTR và DNA transposons; và với nhiều bản sao chép hết sức đầy đủ, tích cực của phân tử non-LTR elements. MITEs đóng góp vào khoảng 50% của tổng số phân tử TEs, với tỷ lệ cao trong phối hợp của các DNA transposons trong Tc1-mariner superfamily. Xem http://link.springer.com/article/10.1007/s00438-017-1291-7/fulltext.html?wt_mc=alerts.TOCjournals
GS. Bùi Chí Bửu lược dịch. |
Trở lại In Số lần xem: 932 |
[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
|