Giải mã trình tự toàn bộ genome cây ớt nhà và ớt hoang dại, cung cấp một cách nhìn về quá trình thuần hóa và chuyên biệt hóa Capsicum
Thứ sáu, 21-03-2014 | 09:45:41
|
Cheng Qina,b,c,1, Changshui Yub,1, Yaou Shena,1, Xiaodong Fangd,e,1, Lang Chenb,1, Jiumeng Mind,1, Jiaowen Chengc, Shancen Zhaod, Meng Xud, Yong Luob, Yulan Yangd, Zhiming Wuf, Likai Maod, Haiyang Wud, Changying Ling-Hub, Huangkai Zhoud, Haijian Lina, Sandra González-Moralesg, Diana L. Trejo-Saavedrah, Hao Tianb, Xin Tangc, Maojun Zhaoi, Zhiyong Huangd, Anwei Zhoub, Xiaoming Yaod, Junjie Cuic, Wenqi Lid, Zhe Chena, Yongqiang Fengb, Yongchao Niud, Shimin Bib, Xiuwei Yangb, Weipeng Lic, Huimin Caid, Xirong Luob, Salvador Montes-Hernándezj, Marco A. Leyva-Gonzálezg, Zhiqiang Xiongd, Xiujing Hea, Lijun Baid, Shu Tanc, Xiangqun Tangb, Dan Liud, Jinwen Liud, Shangxing Zhangb, Maoshan Chend, Lu Zhangd,k, Li Zhangc, Yinchao Zhanga, Weiqin Liaob, Yan Zhangd, Min Wangb, Xiaodan Lvd, Bo Wend, Hongjun Liua, Hemi Luand, Yonggang Zhangb, Shuang Yangd, Xiaodian Wangb, Jiaohui Xud, Xueqin Lib, Shuaicheng Lik, Junyi Wangd, Alain Palloixl, Paul W. Boslandm, Yingrui Lid, Anders Kroghe, Rafael F. Rivera-Bustamanteh, Luis Herrera-Estrellag,2, Ye Yind,2, Jiping Yub,2, Kailin Huc,2, and Zhiming Zhanga,2
Ý nghĩa của nghiên cứuHai genome cây ớt với 20 mẫu giống ớt được giải trình tự trở lại (resequencing), trong đó, có 3 mẫu giống thuộc nửa hoang dại cho đến hoang dại, kết quả cung cấp cho chúng ta hiểu rõ hơn về sự tiến hóa, sự thuần hóa, và sự đa dạng của nhiều loài ớt, điều này chắc chắn sẽ thúc đẩy tích cực sự cải tiến về di truyền trong tương lai loài cây trồng có vị trí quan trọng của thế giới. Tóm tắtỚt là cây có giá trị kinh tế, là cây gia vị không thể thiếu và là cây có giá trị y học, được sử dụng rộng rãi trên thế giới. Người ta muốn biết rõ hơn về sự tiến hóa, sự thuần hóa và sự chuyên biệt hóa của cây Capsicum, đã tiến hành phân tích trình tự genome giống ớt nhà Zunla-1 (Capsicum annuum L.) và tổ tiên hoang dại của nó là Chiltepin (C. annuum var. glabriusculum). Nhóm tác giả này ước lượng rằng genome của ớt có độ lớn khoảng ∼0,3 Mya (trong so sánh với các genome của loài thuộc Solanaceae) bằng phương pháp rapid amplification of retrotransposons elements, riêng kết quả này cho thấy có khoảng ∼81% là những chuỗi trình tự thuộc dạng lập lại (repetitive sequences). Khoảng 79% scaffold (3.48-Gb) chứa đựng 34.476 gen mã hóa protein được neo lại trên các nhiễm sắc thể bằng phương pháp sử dụng bản đồ di truyền phân giải cao (high-density genetic map). So sánh bộ gen cây ớt nhà và cây ớt hoang dại với hai mươi mẫu giống ớt được tái thực hiện lại việc đọc chuỗi trình tự (resequencing). Kết quả kỹ thuật molecular footprints về những chọn lọc do con người, cung cấp cho chúng ta danh sách những gen ứng cử viên được thuần hóa. Họ cũng đã tìm thấy ảnh hưởng bù trừ có tính chất số lượng (dosage compensation effect) của những gen lập đoạn theo qui luật (tandem duplication genes) góp phần vào sự đa dạng di truyền của cây ớt. Genome Capsicum làm tư liệu tham chiếu này sẽ cung cấp thông tin cần thiết cho nghiên cứu di truyền và phục vụ cho lĩnh vực tiến hóa của genome cây ớt, họ Solanaceae. Nó sẽ tạo điều kiện thuận lợi để xây dựng nên các chương trình cải thiện giống ớt có hiệu quả sau này. Xem tạp chí PNAS tháng Ba 2014 trực tuyến http://www.pnas.org/content/early/2014/02/26/1400975111.abstract.
Hình. 4. Gen giả định acyltransferase (AT3) quyết định tính trạng vị hăng cay (pungency) và sự thể hiện gen tại các mô đặc biệt.
|
Trở lại In Số lần xem: 2350 |
[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
|