Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Thiết lập chuỗi giá trị nông sản thông minh và an toàn tại Việt Nam Cà chua bi

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  24
 Số lượt truy cập :  33486432
Giải mã trình tự toàn bộ genome cây ớt nhà và ớt hoang dại, cung cấp một cách nhìn về quá trình thuần hóa và chuyên biệt hóa Capsicum
Thứ sáu, 21-03-2014 | 09:45:41

Cheng Qina,b,c,1, Changshui Yub,1, Yaou Shena,1, Xiaodong Fangd,e,1, Lang Chenb,1, Jiumeng Mind,1, Jiaowen Chengc, Shancen Zhaod, Meng Xud, Yong Luob, Yulan Yangd, Zhiming Wuf, Likai Maod, Haiyang Wud, Changying Ling-Hub, Huangkai Zhoud, Haijian Lina, Sandra González-Moralesg, Diana L. Trejo-Saavedrah, Hao Tianb, Xin Tangc, Maojun Zhaoi, Zhiyong Huangd, Anwei Zhoub, Xiaoming Yaod, Junjie Cuic, Wenqi Lid, Zhe Chena, Yongqiang Fengb, Yongchao Niud, Shimin Bib, Xiuwei Yangb, Weipeng Lic, Huimin Caid, Xirong Luob, Salvador Montes-Hernándezj, Marco A. Leyva-Gonzálezg, Zhiqiang Xiongd, Xiujing Hea, Lijun Baid, Shu Tanc, Xiangqun Tangb, Dan Liud, Jinwen Liud, Shangxing Zhangb, Maoshan Chend, Lu Zhangd,k, Li Zhangc, Yinchao Zhanga, Weiqin Liaob, Yan Zhangd, Min Wangb, Xiaodan Lvd, Bo Wend, Hongjun Liua, Hemi Luand, Yonggang Zhangb, Shuang Yangd, Xiaodian Wangb, Jiaohui Xud, Xueqin Lib, Shuaicheng Lik, Junyi Wangd, Alain Palloixl, Paul W. Boslandm, Yingrui Lid, Anders Kroghe, Rafael F. Rivera-Bustamanteh, Luis Herrera-Estrellag,2, Ye Yind,2, Jiping Yub,2, Kailin Huc,2, and Zhiming Zhanga,2

 

  1. aKey Laboratory of Biology and Genetic Improvement of Maize in Southwest Region, Ministry of Agriculture, Maize Research Institute of Sichuan Agricultural University, Wenjiang 611130, China;
  2. bPepper Institute, Zunyi Academy of Agricultural Sciences, Zunyi 563102, China;
  3. cCollege of Horticulture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China;
  4. dBeijing Genomics Institute-Shenzhen, Shenzhen 518083, China;
  5. eDepartment of Biology, University of Copenhagen, DK-2200 Copenhagen, Denmark;
  6. fCollege of Horticulture and Landscape Architecture, Zhongkai University of Agriculture and Engineering, Guangzhou 510225, China;
  7. gLaboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (Langebio) del Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav), Irapuato, 36821, Mexico;
  8. hDepartamento de Ingeniería Genética, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del IPN (Cinvestav)-Unidad Irapuato, Irapuato, 36821, México;
  9. iCollege of Biology and Science, Sichuan Agricultural University, Ya’an 625014, China;
  10. jInstituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias, Campo Experimental Bajío, Celaya, 38010, México;
  11. kDepartment of Computer Science, City University of Hong Kong, Hong Kong 999077, China;
  12. lINRA Provence-Alpes-Côte d'Azur, UR1052, Unité de Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes, CS 60094, F-84140 Montfavet Cedex, France; and
  13. mChile Pepper Institute, New Mexico State University, Las Cruces, NM 88003
  1. Contributed by Luis Herrera-Estrella, January 19, 2014 (sent for review December 12, 2013)

Ý nghĩa của nghiên cứu

Hai genome cây ớt với 20 mẫu giống ớt được giải trình tự trở lại (resequencing), trong đó, có 3 mẫu giống thuộc nửa hoang dại cho đến hoang dại, kết quả cung cấp cho chúng ta hiểu rõ hơn về sự tiến hóa, sự thuần hóa, và sự đa dạng của nhiều loài ớt, điều này chắc chắn sẽ thúc đẩy tích cực sự cải tiến về di truyền trong tương lai loài cây trồng có vị trí quan trọng của thế giới.

Tóm tắt

Ớt là  cây có giá trị kinh tế, là cây gia vị không thể thiếu và là cây có giá trị y học, được sử dụng rộng rãi trên thế giới. Người ta muốn biết rõ hơn về sự tiến hóa, sự thuần hóa và sự chuyên biệt hóa của cây Capsicum, đã tiến hành phân tích trình tự genome giống ớt nhà Zunla-1 (Capsicum annuum L.) và tổ tiên hoang dại của nó là Chiltepin (C. annuum var. glabriusculum). Nhóm tác giả này ước lượng rằng genome của ớt có độ lớn khoảng 0,3 Mya (trong so sánh với các genome của loài thuộc Solanaceae) bằng phương pháp rapid amplification of retrotransposons elements, riêng kết quả này cho thấy có khoảng 81% là những chuỗi trình tự thuộc dạng lập lại (repetitive sequences). Khoảng 79% scaffold (3.48-Gb) chứa đựng 34.476 gen mã hóa protein được neo lại trên các nhiễm sắc thể bằng phương pháp sử dụng bản đồ di truyền phân giải cao (high-density genetic map). So sánh bộ gen cây ớt nhà và cây ớt hoang dại với hai mươi mẫu giống ớt được tái  thực hiện lại việc đọc chuỗi trình tự (resequencing). Kết quả kỹ thuật molecular footprints về những chọn lọc do con người, cung cấp cho chúng ta danh sách những gen ứng cử viên được thuần hóa. Họ cũng đã tìm thấy ảnh hưởng bù trừ có tính chất số lượng (dosage compensation effect) của những gen lập đoạn theo qui luật (tandem duplication genes) góp phần vào sự đa dạng di truyền của cây ớt. Genome Capsicum làm tư liệu tham chiếu này sẽ cung cấp thông tin cần thiết cho nghiên cứu di truyền và phục vụ cho lĩnh vực tiến hóa của genome cây ớt, họ Solanaceae. Nó sẽ tạo điều kiện thuận lợi để xây dựng nên các chương trình cải thiện giống ớt có hiệu quả sau này. Xem tạp chí PNAS tháng Ba 2014 trực tuyến

http://www.pnas.org/content/early/2014/02/26/1400975111.abstract.

 

Hình. 4. Gen giả định acyltransferase (AT3) quyết định tính trạng vị hăng cay (pungency) và sự thể hiện gen tại các mô đặc biệt.

  1. Phân tích di truyền huyết thống họ gen AT3 trong các giống ớt Zunla-1, Chiltepin, cây Arabidopsis, khoai tây, và cà chua.
  2. So sánh trình tự protein AT3 giữa cây ớt, cà chua, khoai tây. Sự tương đồng về nucleotide của những proteins này cho thấyở phần trên, và kết quả so sánh (alignment) ở phần dưới. Các codon sequences được so sánh và một amino acid với mức độ đột biến 0, 1, và 2 giữa cây ớt, cà chua, khoai tây được đánh dấu bằng “*”, “.”, và“:”,theo thứ tự.
  3. Hàm lượng capsaicindihydrocapsaicin, sự thể hiện gen trong mô đặc biệt của loài Capsicum, và những genes liên quan đến sinh tổng hợp capsaicin cũng được trình bày. Nền xanh lá cây biểu hiện chất biến dưỡng thứ cấp (secondary metabolites) (capsaicindihydrocapsaicin), màu đỏ đặc trưng cho các gen biểu hiện ở mô đặc biệt của các loài cây ớt Capsicum. RPKM, đọc theo đơn vị kb per million trên bản đồ. Màu xám đặc trưng số liệu bị mất. Zunla-1, Chiltepin, HYL, JZ32, và G16 là những giống ớt cay (pungent peppers); SP163, T803, 11c320, ZJ9, và 11c255 là những giống ớt không cay. Một mô hình của sinh tổng hợp capsaicin minh chứng cho sự kiện secondary metabolite và gen mã hóa enzyme có trong phụ lục SI, Hình.S15. Tên đầy đủ các gen mã hóa enzyme được liệt kê trong Dataset S26.
Trở lại      In      Số lần xem: 2350

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bản đồ di truyền và chỉ thị phân tử trong trường hợp gen kháng phổ rộng bệnh đạo ôn của cây lúa, GEN Pi65(t), thông qua kỹ thuật NGS
  • Bản đồ QTL chống chịu mặn của cây lúa thông qua phân tích quần thể phân ly trồng dồn của các dòng con lai tái tổ hợp bằng 50k SNP CHIP
  • Tuần tin khoa học 479 (16-22/05/2016)
  • Áp dụng huỳnh quang để nghiên cứu diễn biến sự chết tế bào cây lúa khi nó bị nhiễm nấm gây bệnh đạo ôn Magnaporthe oryzae
  • Vai trò của phân hữu cơ chế biến trong việc nâng cao năng năng suất và hiệu quả kinh tế cho một số cây ngắn ngày trên đất xám đông Nam Bộ
  • Tuần tin khoa học 475 (18-24/04/2016)
  • Vi nhân giống cây măng tây (Asparagus officinalis L.)
  • Thiết lập cách cải thiện sản lượng sắn
  • Nghiên cứu xây dựng hệ thống dự báo, cảnh báo hạn hán cho Việt Nam với thời hạn đến 3 tháng
  • Liệu thủ phạm chính gây nóng lên toàn cầu có giúp ích được cho cây trồng?
  • Tuần tin khoa học 478 (09-15/05/2016)
  • Sinh vật đơn bào có khả năng học hỏi
  • Côn trùng có thể tìm ra cây nhiễm virus
  • Bản đồ QTL liên quan đến tính trạng nông học thông qua quần thể magic từ các dòng lúa indica được tuyển chọn
  • Nghiên cứu khẳng định số loài sinh vật trên trái đất nhiều hơn số sao trong giải ngân hà chúng ta
  • Cơ chế di truyền và hóa sinh về tính kháng rầy nâu của cây lúa
  • Vật liệu bọc thực phẩm ăn được, bảo quản trái cây tươi hơn 7 ngày mà không cần tủ lạnh
  • Giống đậu nành chống chịu mặn có GEN gmst1 làm giảm sự sinh ra ROS, tăng cường độ nhạy với ABA, và chống chịu STRESS phi sinh học của cây Arabidopsis thaliana
  • Khám phá hệ giác quan cảm nhận độ ẩm không khí ở côn trùng
  • Phương pháp bền vững để phát triển cây lương thực nhờ các hạt nano
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD