|
 Đang trực tuyến :
28 |
|
 Số lượt truy cập :
33481232 |
|
|
|
|
|
Phương pháp đánh giá có hiệu quả cao bản đồ QTL đối với nấm men Saccharomyces cerevisiae
Thứ năm, 20-03-2014 | 15:28:37
|
|
Stefan Wilkening*,1, Gen Lin*,1, Emilie S. Fritsch*,1, Manu M. Tekkedil*, Simon Anders*, Raquel Kuehn†, Michelle Nguyen†, Raeka S. Aiyar*, Michael Proctor†, Nikita A. Sakhanenko‡, David J. Galas‡§, Julien Gagneur*, Adam Deutschbauer** and Lars M. Steinmetz*,†,2
http://www.genetics.org/content/196/3/853.abstract?etoc Genetics, March 2014, Vol. 196(3): 853-865
Tóm tắt
Phân tích ở mức độ phân tử các tính trạng số lượng là một thách thức rất lớn và cần thiết để hiểu được những gen kháng bệnh phức tạp. Ngay cả trong các sinh vật mô hình, việc xác định gen này một cách chính xác và những tương tác gen của chúng vẫn còn là đáp án còn bỏ ngõ, bởi vì người ta rất khó thu hẹp khoảng giả định trên bản đồ gen bằng những marker đơn và phát hiện ra các tương tác epistasis hoặc phát hiện ra những loci của tính trạng số lượng. Những khó khăn như vậy được tăng cường bởi các hạn chế về phương pháp bố trí thí nghiệm, thí dụ như số cá thể đưa vào phân tích quá nhỏ hoặc tính chất đa hình của genome bố mẹ trong thí nghiệm không rõ. Các tác giả của nghiên cứu này đã tập trung vào những thách thức ấy bằng cách áp dụng ba phương pháp có hiệu quả cao, độc lập nhau để phân tích bản đồ QTL đối với những phương sai di truyền thông qua 11 kiểu hình của hai chủng nòi (strains) nấm men Saccharomyces cerevisiae có khoảng cách di truyền khá xa nhau, đó là (1) phân tích cá thể >700 dòng phân lý ở giai đoạn phân bào giảm nhiễm (meiotic segregants), (2) phân tích BSA (bulk segregant analysis), và (3) phân tích RHS (reciprocal hemizygosity scanning), đây là phương pháp tiếp cận có thuật ngữ là new genome-wide đã được phát triển. Họ nêu bật các khác biệt trong hiệu quả của từng phương pháp, kết hợp chúng lại, xác định tám gen có phổ đa hình mạnh, các gen này ảnh hưởng đếntám kiểu hình khác nhau: gạng colony, sự kết tụ (flocculation), mức tăng trưởng trên hai nguồn carbon không có tính chất lên men (nonfermentable carbon), và tính kháng đối với hai loại thuốc, kháng với muối, kháng với nhiệt độ cao. Kết quả chứng minh rằng hiệu quả của phân tích con lai đang phân ly (individual segregant analysis) đối với QTL phân tích và đánh giá sự đóng góp có tính thẩm định khá thấp trước đây về tương tác giữa những variants. Họ còn xác định được những yếu tố khác như đột biến và đa bội lệch (aneuploidy) trong phương pháp, cung cấp cho chúng ta những bài học đáng giá để thiết kế kiểu thí nghiệm cho tương lai đối với các tính trạng số lượng vô cùng phức tạp phục vụ nghiên cứu lập bản đồ gen.
GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.
Figure 1: Schematic overview of the three QTL mapping approaches used in this study. The parental strain backgrounds S96 and SK1 were used for all approaches. ISA: genotyping and phenotyp-ing are performed on individual segregants. BSA: a pool of segre-gants is grown in control and se-lective media. By sequencing the pooled genomic DNA, the allelic enrichments in the pool are de-termined. RHS: in a hybrid strain, alleles are alternatively deleted, resulting in reciprocal hemizy-gous, isogenic hybrid strains that differ only by a single allele. DNA barcodes specific to each gene enable the pooling and parallel analysis of strainfitness on a ge-nome-wide level. After selective growth, the barcodes are amplified and hybridized to a microarray (or sequenced), providing a proxy offitness that can be used to measure the effects of allelic variation in each gene on the phenotype of interest. |
Trở lại
In
Số lần xem: 2065
|
|
[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
|
(4).png "Phương pháp đánh giá có hiệu quả cao bản đồ QTL đối với nấm men Saccharomyces cerevisiae")
(5).png "Phương pháp đánh giá có hiệu quả cao bản đồ QTL đối với nấm men Saccharomyces cerevisiae")
