Tìm marker snp đa hình và ghi chú tốt hơn trình tự bộ gen của Brassica rapa thông qua kỹ thuật đọc trình tự chi tiết RNA
Thứ hai, 17-11-2014 | 08:10:08
|
Upendra Kumar Devisetty, Michael F. Covington, An V. Tat, Saradadevi Lekkala, and Julin N. Maloof G3 (Gene, genome, Genetics); November 2014 4:2065-2078 (doi:10.1534/g3.114.012526) http://www.g3journal.org/content/4/11?etoc Tóm tắt
Phân tích bản đồ di truyền và chức năng của những QTLs của loài Brassica rapa có thể giúp chúng ta cải thiện đáng kể khả năng của những chỉ thị phân tử xác định vị trí vật lý của gen đích và giải thích chính xác hơn genome (genome annotation). Trong nghiên cứu này (công bố trên tạp chí 3G), kỹ thuật đọc trình tự sâu RNA (deep transcriptome RNA sequencing: viết tắt là RNA-Seq) trong bộ gen cây Brassica rapa nhằm vào hai mục tiêu như sau: SNP detection (tìm kiếm chỉ thị SNP) và chú thích trình tự transcriptome tốt hơn. Các tác giả nghiên cứu đã hoàn thiện việc tìm kiếm những SNP trên hai giống cải đóng vai trò bố mẹ của quần thể mapping để giúp phát triển một hệ thống tập họp các chỉ thị phân tử đối với quần thể lai này và phát triển tiếp theo đó bản đồ di truyền phân giải cao. Một hệ transcriptome cải tiến của cây Brassica rapa đã được thiết kế nhằm phát hiện ra các phân tử transcript mới và nhằm cải thiện việc chú thích trình tự của genome hiện tại. Điều ấy vô cùng hữu ích đối với nội dung làm chính xác hơn sự phong phú quá mức của phân tử mRNA (abundance) và phát hiện sự thể hiện QTL (eQTLs) trong các quần thể mapping. Kỹ thuật đọc chuỗi trình tự sâu RNA-Seq của hai giống Brassica rapa—R500 (var. trilocularis, Yellow Sarson) và IMB211 (giống có thời gian sinh trưởng rất ngắn)—bằng cách sử dụng tám mô tế bào khác nhau (rễ, lóng thân, lá, cuống lá, sinh mô chồi đỉnh, sinh mô hoa, mô silique, và mô cây non) được trồng trong ba môi trường khác nhau (phytotron, nhà lưới và đồng ruộng), dưới hai nghiệm thức khác nhau (có ánh sáng kích hoạt và che sáng kích hoạt) phát sinh bởi nguồn sáng: 2,3 tỷ high-quality Illumina reads. Có tổng số 330.995 SNPs được tìm thấy trong các vùng được phiên mã của hai giống cải nói trên, với tần suất trung bình là 1 SNP / 200 bp. Đọc trình tự sâu RNA-Seq đã sắp xếp lại bộ transcriptome của cây Brassica rapa với 44.239 gen mã hóa protein. So sánh với các mô phỏng gen hiện nay của cây B. rapa, người ta tìm thấy 3537 phân tử transcripts mới, 23.754 mô phỏng gen có sự cải biên về cấu trúc, và 3655 protein thay đổi được chú thích rõ ràng (annotated proteins). Những khoảng trống cần tiếp tục lấp đầy của bộ gen hiện nay trong cây B. rapa, được giới thiệu tóm tắt trong kết quả nghiên cứu này, với 780 phân tử transcripts chưa được ghi trên bản đồ. Tất cả chỉ thị SNPs, các chú thích trình tự, và những phân tử transcripts được dự đoán có thể tham khảo tại trang web http://phytonetworks.ucdavis.edu/. (free download)
GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.
Figure 2: Sơ đồ biểu thị toàn bộ hệ transcriptome và chú thích trình tự RNA cây Brassica rapa giống R500. |
Trở lại In Số lần xem: 1352 |
[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
|