Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Thiết lập chuỗi giá trị nông sản thông minh và an toàn tại Việt Nam Cà chua bi

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  23
 Số lượt truy cập :  33336314
Tìm marker snp đa hình và ghi chú tốt hơn trình tự bộ gen của Brassica rapa thông qua kỹ thuật đọc trình tự chi tiết RNA
Thứ hai, 17-11-2014 | 08:10:08

Upendra Kumar Devisetty, Michael F. Covington, An V. Tat, Saradadevi Lekkala, and Julin N. Maloof

 G3 (Gene, genome, Genetics); November 2014 4:2065-2078 (doi:10.1534/g3.114.012526)

http://www.g3journal.org/content/4/11?etoc

 

Tóm tắt

 

Phân tích bản đồ di truyền và chức năng của những QTLs của loài Brassica rapa có thể giúp chúng ta cải thiện đáng kể khả năng của những chỉ thị phân tử xác định vị trí vật lý của gen đích và giải thích chính xác hơn genome (genome annotation). Trong nghiên cứu này (công bố trên tạp chí 3G), kỹ thuật đọc trình tự sâu RNA (deep transcriptome RNA sequencing: viết tắt là RNA-Seq) trong bộ gen cây Brassica rapa nhằm vào hai mục tiêu như sau: SNP detection (tìm kiếm chỉ thị SNP) và chú thích trình tự transcriptome tốt hơn. Các tác giả nghiên cứu đã hoàn thiện việc tìm kiếm những SNP trên hai giống cải đóng vai trò bố mẹ của quần thể mapping để giúp phát triển một hệ thống tập họp các chỉ thị phân tử đối với quần thể lai này và phát triển tiếp theo đó  bản đồ di truyền phân giải cao. Một hệ transcriptome cải tiến của cây Brassica rapa đã được thiết kế nhằm phát hiện ra các phân tử transcript mới và nhằm cải thiện việc chú thích trình tự của genome hiện tại. Điều ấy vô cùng hữu ích đối với nội dung làm chính xác hơn sự phong phú quá mức của phân tử mRNA (abundance) và phát hiện sự thể hiện QTL (eQTLs) trong các quần thể mapping. Kỹ thuật đọc chuỗi trình tự sâu RNA-Seq của hai giống Brassica rapa—R500 (var. trilocularis, Yellow Sarson) và IMB211 (giống có thời gian sinh trưởng rất ngắn)—bằng cách sử dụng tám mô tế bào khác nhau (rễ, lóng thân, lá, cuống lá, sinh mô chồi đỉnh, sinh mô hoa, mô silique, và mô cây non) được trồng trong ba môi trường khác nhau (phytotron, nhà lưới và đồng ruộng), dưới hai nghiệm thức khác nhau (có ánh sáng kích hoạt và che sáng kích hoạt) phát sinh bởi nguồn sáng: 2,3 tỷ high-quality Illumina reads. Có tổng số 330.995 SNPs được tìm thấy trong các vùng được phiên mã của hai giống cải nói trên, với tần suất trung bình là 1 SNP / 200 bp. Đọc trình tự sâu RNA-Seq đã sắp xếp lại bộ transcriptome của cây Brassica rapa với 44.239 gen mã hóa protein. So sánh với các mô phỏng gen hiện nay của cây B. rapa, người ta tìm thấy 3537 phân tử transcripts mới, 23.754 mô phỏng gen có sự cải biên về cấu trúc, và 3655 protein thay đổi được chú thích rõ ràng (annotated proteins). Những khoảng trống cần tiếp tục lấp đầy của bộ gen hiện nay trong cây B. rapa, được giới thiệu tóm tắt trong kết quả nghiên cứu này, với 780 phân tử transcripts chưa được ghi trên bản đồ. Tất cả chỉ thị SNPs, các chú thích trình tự, và những phân tử transcripts được dự đoán có thể tham khảo tại trang web http://phytonetworks.ucdavis.edu/. (free download)

 

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

 

Figure 2: Sơ đồ biểu thị toàn bộ hệ transcriptome và chú thích trình tự RNA cây Brassica rapa giống R500.

Trở lại      In      Số lần xem: 1352

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bản đồ di truyền và chỉ thị phân tử trong trường hợp gen kháng phổ rộng bệnh đạo ôn của cây lúa, GEN Pi65(t), thông qua kỹ thuật NGS
  • Bản đồ QTL chống chịu mặn của cây lúa thông qua phân tích quần thể phân ly trồng dồn của các dòng con lai tái tổ hợp bằng 50k SNP CHIP
  • Tuần tin khoa học 479 (16-22/05/2016)
  • Áp dụng huỳnh quang để nghiên cứu diễn biến sự chết tế bào cây lúa khi nó bị nhiễm nấm gây bệnh đạo ôn Magnaporthe oryzae
  • Vai trò của phân hữu cơ chế biến trong việc nâng cao năng năng suất và hiệu quả kinh tế cho một số cây ngắn ngày trên đất xám đông Nam Bộ
  • Tuần tin khoa học 475 (18-24/04/2016)
  • Vi nhân giống cây măng tây (Asparagus officinalis L.)
  • Thiết lập cách cải thiện sản lượng sắn
  • Nghiên cứu xây dựng hệ thống dự báo, cảnh báo hạn hán cho Việt Nam với thời hạn đến 3 tháng
  • Liệu thủ phạm chính gây nóng lên toàn cầu có giúp ích được cho cây trồng?
  • Tuần tin khoa học 478 (09-15/05/2016)
  • Sinh vật đơn bào có khả năng học hỏi
  • Côn trùng có thể tìm ra cây nhiễm virus
  • Bản đồ QTL liên quan đến tính trạng nông học thông qua quần thể magic từ các dòng lúa indica được tuyển chọn
  • Nghiên cứu khẳng định số loài sinh vật trên trái đất nhiều hơn số sao trong giải ngân hà chúng ta
  • Cơ chế di truyền và hóa sinh về tính kháng rầy nâu của cây lúa
  • Vật liệu bọc thực phẩm ăn được, bảo quản trái cây tươi hơn 7 ngày mà không cần tủ lạnh
  • Giống đậu nành chống chịu mặn có GEN gmst1 làm giảm sự sinh ra ROS, tăng cường độ nhạy với ABA, và chống chịu STRESS phi sinh học của cây Arabidopsis thaliana
  • Khám phá hệ giác quan cảm nhận độ ẩm không khí ở côn trùng
  • Phương pháp bền vững để phát triển cây lương thực nhờ các hạt nano
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD