Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Thiết lập chuỗi giá trị nông sản thông minh và an toàn tại Việt Nam Cà chua bi

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  20
 Số lượt truy cập :  33323595
Đa dạng di truyền cây lúa toàn cầu (lúa trồng Oryza sativa) thông qua bản đồ vật lý có tính so sánh
Chủ nhật, 13-04-2014 | 05:17:28

Xiaoming Wang, David A. Kudrna, Yonglong Pan, Hao Wang, Lin Liu, Haiyan Lin, Jianwei Zhang, Xiang Song, Jose Luis Goicoechea, Rod A. Wing, Qifa Zhang and Meizhong Luo

 

 TÓM TẮT

 

Bản đồ vật lý trên cơ sở BAC (Bacterial artificial chromosome) với số lượng lớn các dòng BAC ở trạng thái BESs (BAC end sequences). Các dòng này được sáng tạo ra trên cơ sở Oryza sativa ssp. indica với giống lúa Minghui 63 (MH63), giống lúa Zhenshan 97 (ZS97). Chúng được so sánh trình tự với bộ gen của O. sativa spp. japonica với giống lúa Nipponbare, O. sativa ssp. indica với giống lúa 93-11. Những so sánh như vậy biểu thị sự đa dạng trên cơ sở mức độ biến dị có tính chất cấu trúc rộng và có tính chất bổ sung hẹp (small substitutions), và kể cả những phân tử indels. Những biến dị rộng có tính chất “Genome-wide BAC-sized” và có tính chất “contig-sized” được các tác giả tìm thấy. Họ đã phân tích các biến dị như vậy. Các vùng được mở rộng thêm trên trình tự bộ gen giống lúa tham khảo Nipponbare, được so sánh với trình tự trên bản đồ vật lý của giống lúa MH63 và ZS97, cũng như bản đồ vật lý của 93-11 đã được thực hiện trước đó. Số lượng các đoạn phân tử lập lại (repeats), và kết quả phân tích ontology của gen, khác biệt có ý nghĩa trên toàn bộ genome. Sử dụng bản đồ vật lý của 4 loài lúa hoang Oryza từ cơ sở dữ liệu OMAP (http://www.omap.org) làm đối chứng, các tác giả đã phát hiện được nhiều vùng bảo tồn và vùng đa dạng có liên quan đến quá trình tiến hóa của O. sativa. Giữa các BESs của giống MH63 và ZS97 và hai trình tự tham khảo, người ta tìm thấy 1532 các phân tử lập lại giản đơn, đa hình (SSRs), 71.383 SNPs, 1767 multiple nucleotide polymorphisms, 6340 phân tử insertions, và 9137 phân tử deletions. Nghiên cứu cho thấy toan bộ các genome có tính độc lập cao đối với vật chất dưới loài (subspecies) có tính chất intra và  inter. Cả bản đồ vật lý và GBrowse, chúng hợp nhất QTL và chỉ thị phân tử trong GRAMENE (http://www.gramene.org) với 4 bản đồ vật lý và được phân tích, ngần ấy mở ra một nguồn cơ sở dữ liệu đại chúng cho phép chúng ta lấy trên Web site (http://gresource.hzau.edu.cn/resource/resource.html).

 

Xem http://www.genetics.org/content/196/4/937.abstract?etoc

Genetics, Tháng Tư 2014, 196 no. 4: 937-949

 

Hình 4: Xác định sự đảo ngược từ các so sánh trình tự BES. (A) So sánh trình tự giữa BESs của MH63 contig37 và trình tự tham chiếu của giống Nipponbare. (B) So sánh trình tự giữa BESs của Nipponbare contig41 và vùng tương tự trên trình tự tham chiếu của Nipponbare. Thanh màu đỏ bên trên đại diện cho trình tự tham chiếu của giống Nipponbare, và đường màu xanh blue là so sánh trình tự của các BESs. Thanh màu xanh green là những clones khớp với dữ liệu gốc và màu hồng là những clones nghịch đảo. (C) Thí nghiệm minh chứng sự đảo ngược về di truyền. Trong panel bên trái, cặp primers được thiết kế cho BES OSIABa0011B13.r. của clone a0011B13 trong MH63 contig37. Trong panel bên phải, cặp primers được thiết kế từ BES OSIABa0041A04.r. của dòng a0041A04 trong MH63 contig37.

 

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

Trở lại      In      Số lần xem: 1838

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bản đồ di truyền và chỉ thị phân tử trong trường hợp gen kháng phổ rộng bệnh đạo ôn của cây lúa, GEN Pi65(t), thông qua kỹ thuật NGS
  • Bản đồ QTL chống chịu mặn của cây lúa thông qua phân tích quần thể phân ly trồng dồn của các dòng con lai tái tổ hợp bằng 50k SNP CHIP
  • Tuần tin khoa học 479 (16-22/05/2016)
  • Áp dụng huỳnh quang để nghiên cứu diễn biến sự chết tế bào cây lúa khi nó bị nhiễm nấm gây bệnh đạo ôn Magnaporthe oryzae
  • Vai trò của phân hữu cơ chế biến trong việc nâng cao năng năng suất và hiệu quả kinh tế cho một số cây ngắn ngày trên đất xám đông Nam Bộ
  • Tuần tin khoa học 475 (18-24/04/2016)
  • Vi nhân giống cây măng tây (Asparagus officinalis L.)
  • Thiết lập cách cải thiện sản lượng sắn
  • Nghiên cứu xây dựng hệ thống dự báo, cảnh báo hạn hán cho Việt Nam với thời hạn đến 3 tháng
  • Liệu thủ phạm chính gây nóng lên toàn cầu có giúp ích được cho cây trồng?
  • Tuần tin khoa học 478 (09-15/05/2016)
  • Sinh vật đơn bào có khả năng học hỏi
  • Côn trùng có thể tìm ra cây nhiễm virus
  • Bản đồ QTL liên quan đến tính trạng nông học thông qua quần thể magic từ các dòng lúa indica được tuyển chọn
  • Nghiên cứu khẳng định số loài sinh vật trên trái đất nhiều hơn số sao trong giải ngân hà chúng ta
  • Cơ chế di truyền và hóa sinh về tính kháng rầy nâu của cây lúa
  • Vật liệu bọc thực phẩm ăn được, bảo quản trái cây tươi hơn 7 ngày mà không cần tủ lạnh
  • Giống đậu nành chống chịu mặn có GEN gmst1 làm giảm sự sinh ra ROS, tăng cường độ nhạy với ABA, và chống chịu STRESS phi sinh học của cây Arabidopsis thaliana
  • Khám phá hệ giác quan cảm nhận độ ẩm không khí ở côn trùng
  • Phương pháp bền vững để phát triển cây lương thực nhờ các hạt nano
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD