Công tác chọn tạo giống đậu nành ở Việt Nam hiện do 8 cơ quan nghiên cứu tham gia: Viện Di truyền Nông nghiệp, Trung tâm Nghiên cứu Đậu đỗ – Viện Cây lương thực và Cây Thực phẩm, Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp Miền Nam, Viện Lúa Đồng bằng Sông Cửu Long, Viện Nghiên cứu Ngô, Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Đại học Cần Thơ, Viện nghiên cứu dầu và cây có dầu. Trong giai đoạn 1977–2010 đã cho ra đời và được công nhận 45 giống đậu nành mới. Về thành tựu chọn giống đậu nành, có thể tạm thời chia làm 3 giai đoạn:

Giai đoạn thứ 1 - Chọn tạo giống đậu nành chuyên vụ

Trong các năm 70–80 của thế kỷ trước, đậu nành ở nước ta đạt năng suất thấp 6,8 tạ/ha (1980), trong sản xuất đậu nành ở nước ta tồn tại 2 nhóm giống đậu nành chính:

Nhóm giống chuyên cho vụ lạnh (vụ Xuân, vụ Đông): Có các giống TBKT nhập nội như V74 (ĐT74), AK02, AK03, AK04, AK05, VX92, VX93, ĐT92; Giống chọn tạo: DN42, TLA57, 98-04, ĐT2000, ĐT26, Đ2101 …, ngoài ra còn có các giống địa phương như Vàng xanh Hà Giang, Vàng Mường Khương, Xanh Bắc Hà …

Nhóm giống chuyên cho vụ nóng (Xuân Hè và Hè Thu): ở phía Bắc chủ yếu là ĐH4 (ĐT76), M103, ĐT80, Lơ Hà Bắc, Cúc, Đậu Lạng … ở phía Nam: HL25, MTD176, HL92, G87-5, OMON 25-20, OMDN 16-4, OMDN 22-11, OMDN 21-75, OMDN 16-5-2, VDN 1, TN12 và CM 60 …

Các nhóm giống này thích ứng hẹp, thích hợp chuyên cho từng mùa vụ, vùng sinh thái, năng suất cao vào vụ lạnh hoặc vụ nóng nhưng kém ổn định trong điều kiện khí hậu biến đổi cực đoan (nóng, lạnh, hạn, mưa úng, sâu bệnh), ở phía Bắc khó nhân giống, giá thành sản xuất giống cách vụ cao làm tăng giá trị đầu vào nên khó phát triển diện tích, đặc biệt nhu cầu giống cho vụ Đông trên đất sau 2 vụ lúa.

Giai đoạn 2 - Chọn tạo giống đậu nành 3 vụ

Từ những năm 90 của thế kỷ trước, Viện Di truyền Nông nghiệp, Viện Cây lương thực, Cây thực phẩm, Viện Nghiên cứu Ngô.... bằng phương pháp lai và đột biến đã chọn tạo thành công và chuyển giao thắng lợi vào sản xuất bộ giống đậu nành 3 vụ gồm: DT84, DT90, DT96, DT55 (AK06), DT99, ĐT12, DT94, DT95, DT83, DT2001, ĐVN5, ĐT22, ĐVN6, đậu nành rau DT02 và hàng chục giống có triển vọng KNQG : DT2003, DT2005, ĐVN9 .… các giống này hiện đã chiếm trên 50% diện tích đậu nành cả nước, riêng phía Bắc chiếm 85-90%. Đặc điểm mang tính đột phá của bộ giống này là thích ứng rộng, sinh trưởng hữu hạn, phản ứng yếu với ánh sáng ngày ngắn, chịu nóng và chịu lạnh với biên độ rộng từ 10–15 0C đến 38–40 0C, đề kháng với các loại bệnh nguy hiểm tốt, trồng được cả 3 vụ/năm (Xuân, Hè, Đông) thích hợp trên các vùng sinh thái từ Bắc vào Nam, năng suất cao, khá ổn định từ 18–40 tạ/ha, hạt to, vàng đẹp, chất lượng tốt, protein đạt 40–47%. Các giống này dễ để giống, giống từ vụ trước có thể chuyển sang vụ sau không phải lưu kho lạnh, giá thành giống giảm được 30%, tạo điều kiện mở rộng diện tích trên qui mô lớn, đặc biệt diện tích đậu nành vụ Đông (vụ III) sau lúa mùa. Tuy nhiên, khả năng chịu hạn của các giống 3 vụ phần lớn còn yếu.

Giai đoạn 3 - Chọn tạo giống đậu nành chống chịu cao, thích ứng rộng

Công trình nghiên cứu có hệ thống tập đoàn giống đậu nành chịu hạn, nghiên cứu phương pháp tuyển chọn, đánh giá tính chịu hạn của Nguyễn Huy Hoàng, Trần Đình Long (1996), thông qua phương pháp đánh giá trong phòng nảy mầm trên nước đường sachasose, phương pháp làm héo khô. Kết quả từ trên 1000 mẫu giống nhập nội từ 45 nước, đã phân lập được 148 mẫu giống có khả năng chịu hạn ở giai đoạn cây con.

Nghiên cứu phân tích sự liên hệ giữa thành phần acid amine, tổng hợp protein, enzim α-amylase với tính chịu hạn của 11 giống đậu nành địa phương Sơn La (Chu Hoàng Mậu và Nguyễn Thúy Hường, 2006) cho thấy, có sự đa dạng di truyền về tính chịu hạn của các giống đậu nành, trong điều kiện hạn, cây đậu nành giảm tổng hợp protein và tăng hàm lượng proline, đường, hoạt độ của enzym α-amylase.

Các nghiên cứu về giống đậu nành chuyển gen chống chịu sâu đang được tiến hành tại Viện Lúa Đồng bằng Sông Cửu long (Nguyễn Thị Cúc Hòa, 2009).

Nghiên cứu tuyển chọn đánh giá giống đậu nành chịu hạn đã được tiến hành tại Học viện Nông nghiệp Việt Nam, bằng các phương pháp đánh giá tại giai đoạn hạt qua xử lý áp suất thẩm thấu trong dung dịch polyethylene glycol 6000, giai đoạn hoa, làm quả bước đầu đã kết luận được một số giống có triển vọng chịu hạn, đề tài này đã góp phần xác định phương pháp đánh giá khả năng chịu hạn của đậu nành phù hợp với điều kiện nghiên cứu ở nước ta (Vũ Đình Hòa, 2008).

Tại Viện Di truyền Nông nghiệp, từ năm 1992 đã bắt đầu chú trọng nghiên cứu chọn tạo giống đậu nành chịu hạn, kết quả sau 17 năm, từ trên 67 tổ hợp lai và xử lý đột biến trên 6 giống (tia Gamma – Co60 liều lượng 150, 180, 200, 250 Gy) đã chọn tạo được 2 giống DT95 (đột biến từ giống AK04) và DT96 (xử lý đột biến trên con lai DT84 x DT90) có khả năng chịu hạn, kháng bệnh khá (Mai Quang Vinh và CS, 1998, 2004, 2006, 2008), Nguyễn Thị Bình, 2008).

Từ năm 2001, Viện Di truyền Nông nghiệp cũng là cơ quan đại diện cho Việt Nam tham gia phối hợp trong khuôn khổ Diễn đàn Hợp tác Hạt Nhân Châu Á (FNCA) về Chương trình Chọn giống Đột biến Phóng xạ với sự tham dự của 9 nước trong Diễn đàn và 5 nước tham gia đề tài “Chọn tạo giống Đậu nành đột biến chịu hạn”, Giống DT96 được Hội nghị tổng kết đánh giá cao về sự cố gắng của Việt Nam trong chọn tạo giống theo hướng chịu hạn (FNCA’s Minutes, 2006). Việt nam đã thu thập nguồn gen các giống chịu hạn, bước đầu sơ bộ xác định một số giống triển vọng chịu hạn từ Mehico như HC.200, HC.100, từ Philippines như Psy 4, Psy5…. Kết quả lai hữu tính giữa 2 giống DT2001/HC100 kết hợp gây tạo đột biến ở F4 và chọn lọc phả hệ theo các tiêu chí chống chịu hạn, bệnh, chịu nhiệt.

Việc chuyển nạp gen được TS. Trần Thị Cúc Hòa thực hiện thông qua đề tài “Nghiên cứu chuyển nạp gen ở đậu nành và tạo dòng đậu nành biến đổi gen kháng sâu ở Việt Nam”, tiến hành thử nghiệm trên 4 phương pháp lây nhiễm khác nhau. Trong đó, hiệu quả chuyển nạp gen ở phương pháp 4, tạo vết thương tại mặt trong của nốt lá mầm với dung dịch có chứa vi khuẩn được nuôi cây ở nhiệt độ 21 độ C. Với việc tạo vết thương ở nốt lá mầm, sẽ giúp kích thích sự xâm nhập của vi khuẩn - một trong những yếu tố quyết định sự thành công trong chuyển nạp gen vào cây đậu nành. Phương pháp này được đánh giá là tốt hơn cả, với tỷ lệ mẫu sống sót và phát triển nhiều, tỷ lệ nạp chuyển gen đạt cao hơn.

Học viện Nông nghiệp Việt Nam phối hợp với Viện Cây Lương thưc và Cây thực phẩm, Viện Bảo vệ thực vật đã nghiên cứu xác định hiệu quả của một số gen kháng bệnh gỉ sắt ở đậu nành Việt Nam và chỉ thị phân tử liên kết với chúng, đã kết luận Gen kháng Rpp2, Rpp4 và Rpp5 biểu hiện tính kháng tốt với bệnh gỉ sắt đậu nành ở Việt Nam, các gen kháng này rất có giá trị sử dụng trong chương trình chọn tạo giống đậu nành kháng bệnh gỉ sắt ở Việt Nam theo các vùng sinh thái đặc trưng. Chỉ thị phân tử: Satt620 (liên kết với gen kháng Rpp2 ở khoảng cách di truyền 3,33cM), Satt288 (liên kết với gen kháng Rpp4 ở khoảng cách di truyền 2,50cM) và Sat_275 (liên kết với gen kháng Rpp5 ở khoảng cách di truyền 4,16cM) là các chỉ thị liên kết chặt với gen kháng mục tiêu, có độ tin cậy cao trong nghiên cứu ứng dụng. Các chỉ thị này sẽ được sử dụng để nhận diện gen kháng trong lai tạo và chọn lọc giống đậu  tương kháng bệnh gỉ sắt ở Việt Nam.