Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Trung Tâm NC Khoai tây, Rau và Hoa, trồng rau Hàn Quốc theo VietGap

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  11
 Số lượt truy cập :  26680249
Bản đồ di truyền cây sắn (Manihot Esculenta Crantz) kết hợp bản đồ vật lý của những gen có liên quan đến tính miễm nhiễm

Sắn, Manihot esculenta Crantz, là một trong những loài cây trồng quan trọng trên thế giới, là cây lương thực cho hơn một tỷ người. Việc phát triển bản đồ di truyền mật độ cao và bản đồ vật lý được người ta xem như nguyên tắc cơ bản của thực hiện các tiếp cận mới về di truyền phân tử để thúc đẩy hiệu quả chọn lọc di truyền một trong những thách thức có ý nghĩa hiện nay. Trình tự genome tham chiếu của cây sắn vừa được thực hiện xong giúp chúng ta cải tiến phẩm chất của nó.

Nguồn: , Ortiz JF, Perlaza-Jiménez L, Vásquez AX , Becerra LA, Mathew B, Léon J , Bernal AJ, Ballvora A, López CE , Soto JC. 2015. A genetic map of cassava (Manihot esculenta Crantz) with integrated physical mapping of immunity-related genes. BMC Genomics. 2015 Mar 16;16(1):190.

 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25887443

TÓM TẮT

Sắn, Manihot esculenta Crantz, là một trong những loài cây trồng quan trọng trên thế giới, là cây lương thực cho hơn một tỷ người. Việc phát triển bản đồ di truyền mật độ cao và bản đồ vật lý được người ta xem như nguyên tắc cơ bản của thực hiện các tiếp cận mới về di truyền phân tử để thúc đẩy hiệu quả chọn lọc di truyền một trong những thách thức có ý nghĩa hiện nay. Trình tự genome tham chiếu của cây sắn vừa được thực hiện xong giúp chúng ta cải tiến phẩm chất của nó. Cây sắn hiện đang bị đe dọa bởi nhiều pathogens khác nhau, nhưng các cơ chế tự bảo vệ cây sắn vẫn chưa được người ta biết rõ ràng. Bên cạnh đó, người ta rất thiếu thông tin về số gen có liên quan đến tính miễn nhiễm bệnh cũng như sự phân bố của chúng và cách thức tổ chức của genome cây sắn.

 

Người ta thực hiện việc lập bản đồ di truyền mật độ cao của cây sắn bao gồm 2.141 chỉ thị phân tử SNPs. Mười tám LKs (linkage groups) được phân giải cao có kích thước chung là 2.571 cM; khoảng cách trung bình giữa hai marker là 1,26 cM. Có hơn một nửa bản đồ nhờ mapped SNPs (57,4%) được định vị tại vùng có trình tự gen mã hóa. Bản đồ vật lý được thiết lập của những scaffolds trên toàn bộ trình tự genome cây sắn (dạng bản thảo) sử dụng các chỉ thị phân tử trên bản đồ như những phân tử neo (anchors) theo hướng 687 scaffolds bao phủ trên 45,6% bộ genome này. Số scaffold mới là 189 được neo để tiện theo dõi bản đồ di truyền của cây sắn, dẫn đến việc mở rộng bản đồ vật lý hiện có với độ lớn 30,7 Mb. Ngượ ta thực hiện kỹ thuật phân tích so sánh (comparative analysis) những những anchor markers cho thấy sự kiện co-linearity rất mạnh để minh chứng các ghi nhận trước đây về bản đồ di truyền và bản đồ vật lý. Nghiên cứu trên cơ sở “in-silico”  đối với những domain rất bảo thủ đã cho phép người ta chú giải được 1.061 gen của cây sắn mã hóa các protein có liên quan đến tính miễn nhiễm (IRPs). Trên cơ sở bản đồ vật lý tương ứng với những scaffolds có trình tự DNA, người ta xác định vị trí di truyền một cách không mơ hồ như trước đây với khả năng có 569 protein IRPs.

 

Đay là nghiên cứu đầu tiên cho đến nay được báo cáo một cách hệ thống về bản đồ di truyền phân giải cao bằng chỉ thị SNPs với sự kết hợp của bản đồ vật lý trong xác định vị trí gen có liên quan đến tính trạng miễm nhiễm cây sắn. Các cơ sở dữ liệu này xây dựng nên một cơ sở vững chắc phục vụ các nghiên cứu lâu dài trong bản đồ và chỉ thị phân tử tại locus đơn hoặc các loci có tính chất số lượng đối với những tính trạng nông học quan trọng. Việc làm phong phú hơn bản đồ vật lý  với những scaffolds mới, là những nỗ lực đáng trân trọng của kết quả nghiên cứu thuộc consortium về trình tự genome cây sắn.

 

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

 

Hình Bản đồ di truyền và vật lý với những scaffolds lặp đoạn, protein IRPs và QTLs đối với tính kháng bệnh sắn.

Trở lại      In      Số lần xem: 3018

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD