Chào mừng Quý độc giả đến với trang thông tin điện tử của Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam

Tin nổi bật
Thành tích

Huân chương Ðộc lập

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Huân chương Lao động

- Hạng 1 - Hạng 2 - Hạng 3

Giải thưởng Nhà nước

- Nghiên cứu dinh dưởng và thức ăn gia súc (2005)

- Nghiên cứu chọn tạo và phát triển giống lúa mới cho xuất khẩu và tiêu dùng nội địa (2005)

Giải thưởng VIFOTEC

- Giống ngô lai đơn V2002 (2003)

- Kỹ thuật ghép cà chua chống bệnh héo rũ vi khuẩn (2005)

- Giống Sắn KM 140 (2010)

Trung tâm
Liên kết website
lịch việt
Thư viện ảnh
Video
Trung Tâm NC Khoai tây, Rau và Hoa, trồng rau Hàn Quốc theo VietGap

Thống kê truy cập
 Đang trực tuyến :  9
 Số lượt truy cập :  26680317
Bộ gen cây sắn
Thứ tư, 18-06-2014 | 10:14:05

Rễ củ sắn là nguồn lương thực cần thiết cho gần một tỷ người trên thế giới, và được xem như nguồn năng lượng sinh học trong tương lai. Người ta đã tập trung nghiên cứu bộ gen cây sắn với hai mục tiêu như vậy. Bên cạnh đó, việc hiểu biết bộ gen sây sắn (cassava genome) giúp người ta quản lý tốt sâu bệnh hại chính trong ngành trồng sắn; tạo ra giống sắn chống chịu được những bất lợi cho biến đổi khí hậu.

 

Người ta thực hiện một dự án có tên là “454-based whole genome shotgun sequence”. Kết quả này đã biết được 69% tổng kích thước genome theo dự đoán và 96% không gian chứa các gen mã hóa các protein được biết. Có 30.666 gen được ghi nhận và 3.485 dạng hình những “alternate splice” được sự hỗ trợ của chỉ thị phân tử EST (với 1,4 Mb ESTs).

 

Người ta đã áp dụng thành công kỹ thuật “sử dụng SSR, EST và SNP trên cở sở bản đồ di truyền” để nghiên cứu bộ gen cây sắn. Nhờ kết quả này, người ta có được một bản đồ liên kết có mức độ phân giải cao (high-density linkage map). Nó được phát triển từ tổ hợp lai giữa hai giống sắn có mức độ đa dạng di truyền khác biệt nhau: giống sắn nhiễm bệnh brown streak (sọc nâu); và giống kháng bệnh sọc nâu.

 

Phương pháp mới có tên gọi là GBS được viết tắt từ chữ “genotyping-by-sequencing” (đánh giá kiểu gen bằng giải trình tự gen) đã và đang được phát triển nhằm liệt kê SNPs (catalog) giữa quần thể lập bản đồ với các giống sắn của Châu Phi, đang được nông dân ứ chuộng. Những nguồn kết quả như vậy đang thúc đẩy một cách thuận lợi chương trình chọn tạo giống sắn bằng chỉ thị phân tử (MAS), cho phép chúng ta cải tiến tính chống chịu bệnh sắn và cải tiến hàm lượng dinh dưỡng, giúp chúng ta hiểu cặn kẽ cơ sở di truyền của tính kháng bệnh.

Hình 1: Tổng quát kỹ thuật “genome shotgun sequencing” và kỹ thuật “assembly” trên bộ gen cây sắn. Mẫu DNA được tách chiết từ bộ phận của cây sắn, tinh sạch, lai từng đoạn phân tử nhờ BAC clone và tập họp các contig, xong chạy trình tự DNA với mật độ cao các “redundancy” ở từng vùng trong bộ gen. Sau đó, chuỗi trình tự của nhiễm sắc thể được tổng hợp (assembled) từ những đoạn phân tử trùng lấp lên nhau thành ra trình tự gần như đồng nhất. Thông tin về trình tự bắt cặp với phân tử cực dài ấy được sử dụng để bắt cầu các vùng trong genome trở thành một đơn vị không mang tính chất duy nhất mà mà lập lại (repeats) và không thể giải  được bằng phương pháp thông thường. Người ta phải tiếp cận với phytozome genome browser theo đường link như sau (http://www.phytozome.net/cassava), rồi download toàn bộ trình tự bộ gen cây sắn có được, ghi chú dữ liệu nhờ phần mềm “annotation”, phân tích mức độ đồng dạng của genome.

 

Nguồn: Simon Prochnik và ctv. 2012. The Cassava Genome: Current Progress, Future Directions. Tropical Plant Biol. (2012) 5:88.

http://link.springer.com/article/10.1007/s12042-011-9088-z#page-1

Trở lại      In      Số lần xem: 4824

[ Tin tức liên quan ]___________________________________________________
  • Bệnh chết nhanh ( Thứ tư, 27/04/2016 )
  • Bệnh chết chậm (vàng lá) ( Thứ tư, 27/04/2016 )
  • Cây trụ sống phục vụ canh tác hồ tiêu ( Thứ sáu, 29/04/2016 )
  • Lịch sử cây hồ tiêu ( Thứ sáu, 29/04/2016 )
  • Lịch sử phát triển & vùng trồng hồ tiêu ở Việt Nam ( Thứ sáu, 29/04/2016 )
  • Loài tiêu hoang dại ( Thứ hai, 01/08/2016 )
  • Yêu cầu của nhà nhập khẩu hồ tiêu ( Thứ sáu, 20/05/2016 )
  • Cây che phủ đất ( Thứ tư, 27/04/2016 )
  • Đất trồng hồ tiêu ( Thứ hai, 01/08/2016 )
  • Thời vụ trồng hồ tiêu ( Thứ ba, 26/04/2016 )
  • Cơ sở phân tử của virus gây bệnh hồ tiêu (Piper Yellow Mottle Virus) ( Thứ sáu, 29/04/2016 )
  • Sâu đục thân ( Thứ năm, 28/04/2016 )
  • Kỹ thuật nhân giống vô tính ( Thứ hai, 25/04/2016 )
  • Kỹ thuật trồng hồ tiêu hữu cơ ở Ấn Độ ( Thứ tư, 27/04/2016 )
  • Sản xuất hồ tiêu hữu cơ ở Việt Nam ( Thứ ba, 26/04/2016 )
  • Bệnh thán thư ( Thứ năm, 28/04/2016 )
  • Bệnh tiêu điên (Stunted disease) ( Thứ năm, 28/04/2016 )
  • Thực vật học ( Thứ hai, 25/04/2016 )
  • Bọ xít lưới ( Thứ năm, 28/04/2016 )
  • Bọ cánh cứng ( Thứ năm, 28/04/2016 )
Designed & Powered by WEBSO CO.,LTD